无锡地区ST15型耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药及毒力特征分析

摘要

目的 分析江苏无锡地区临床分离的ST15型耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）的分子流行病学及基因组进化关系，为制定区域化精准防控策略提供科学依据。方法 收集2021年1月—2024年12月无锡市某三级甲等医院临床分离的18株非重复ST15型CRKP进行菌种鉴定及药敏试验。应用Illumina NovaSeq X Plus平台对所有菌株进行全基因组二代测序。基于此，筛选出2株高毒力菌株，利用Oxford Nanopore PromethION平台获得高质量完成图基因组，分析菌株的耐药基因、毒力基因、质粒携带情况及基因组结构特征，并基于单核苷酸多态性（SNP）构建系统发育树。利用大蜡螟感染模型评估所选菌株的毒力。结果 药敏试验结果显示，所有菌株对碳青霉烯类等广谱抗菌药物普遍耐药，但对替加环素及多黏菌素均敏感。18例感染患者中，年龄≥60岁者占77.8%,男性占77.8%;标本来源以呼吸道标本（占44.4%,包括痰7株、支气管肺泡灌洗液1株）及血标本（占33.3%,6株）为主，其余来源于胆汁、尿液及导管。基因组进化分析表明，菌株可分为KL19-O1和KL112-O1两个克隆群，分别携带bla_KPC-2、bla_NDM-5和bla_OXA-232等碳青霉烯酶基因。其中，4株菌为高毒力合并碳青霉烯类耐药，呈现独特的rmpA2⁺/iutA⁺/rmpA^-毒力基因谱；大蜡螟感染模型证实其毒力高于非高毒力菌株（P=0.015）。质粒分析显示，bla_KPC-2位于IncFⅡ_K型质粒的IS26-Tn4401b-IS26复合转座子结构内，bla_OXA-232位于ColKP3型质粒，而毒力基因则由IncHI1B（pNDM-MAR）/IncFIB_K37融合质粒携带。结论 无锡地区ST15 CRKP以KL19-O1-bla_KPC-2克隆流行为主，但已出现携带rmpA2⁺/iutA⁺/rmpA^-特征、属于KL112-O1型的高毒力亚克隆。持续监测ST15-CRKP的基因组进化对指导临床用药和制定区域化精准防控策略至关重要。

关键词

肺炎克雷伯菌 / ST15 / 碳青霉烯类耐药 / 高毒力表型 / 分子流行病学 / 全基因组测序

基金资助

无锡市卫生健康委员会“双百”中青年医疗卫生拔尖人才基金项目(HB2023021)