基于全基因组测序的尿路感染耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌耐药机制及分子特征研究

摘要

目的 分析尿液来源的耐碳青霉烯类肠杆菌目细菌（CRE）的耐药机制及分子流行病学特征，为尿路CRE感染的防控与治疗提供科学依据。方法 收集2021—2024年南昌大学第一附属医院尿标本分离的97株CRE菌株，使用VITEK2 Compact全自动微生物鉴定及药敏分析系统进行药敏分析。采用全基因组测序技术分析其耐药基因、质粒类型及分子流行病学特征。结果 纳入测序的97株CRE以肺炎克雷伯菌（75株，77.32%）为主，其次为大肠埃希菌（9株，9.28%）和阴沟肠杆菌（9株，9.28%）；菌株主要来自康复医学科（37株，38.15%）。药敏试验显示，CRE对大多数常用抗菌药物的耐药率>90%。92.78%（90/97）的CRE菌株携带碳青霉烯酶基因，仅检出bla_KPC和bla_NDM两种基因型，且以bla_KPC-2和bla_NDM-5亚型为主。CRE携带的质粒类型呈现高度多样性，质粒复制子数量为1～11个，94.85%的菌株携带3种及以上质粒复制子，以IncFII、IncR和IncHI1B最为常见；多位点序列分型（MLST）结果显示，ST11-KL64型和ST11-KL25型是CRKP的主要优势克隆，而耐碳青霉烯类大肠埃希菌和耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌呈现明显的克隆多样性。结论 该地区导致尿路感染的CRE耐药形势严峻，主要携带bla_KPC-2和bla_NDM-5型基因，且质粒类型呈现高度多样性。此外，ST11-KL64型和ST11-KL25型是CRKP菌的主要优势克隆，而其他CRE则表现出显著的克隆多样性，应加强监测与防控。

关键词

肠杆菌目细菌 / 耐药机制 / 分子流行病学 / 全基因组测序 / 尿路感染

基金资助

国家自然科学基金地区基金项目（82260403）