宏基因组二代测序在毛霉菌病诊断中的效能评估：一项回顾性队列研究

摘要

目的 毛霉菌病是一种具有高致死率的侵袭性真菌感染,传统诊断方法因阳性率较低而受限。本研究旨在评估宏基因组二代测序(metageno mic next-generation sequencing,mNGS)在毛霉菌病诊断中的效能及临床应用价值。方法 回顾性分析2022年11月1日-2024年10月31日于四川大学华西医院接受mNGS检测且结果为毛霉目真菌序列阳性的135例患者。以临床综合诊断(包含确诊与临床诊断)为标准,将患者分为毛霉菌病确诊组与非毛霉菌病组。通过受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估不同标本类型mNGS序列数(lgRPM,即以10为底的对数转换每百万读数标准化值)的诊断效能,并比较两组患者的菌种分布及实验室指标。结果 135例mNGS毛霉菌阳性患者中,最终确诊毛霉菌病100例(74.1%)。ROC曲线分析显示,不同标本类型的mNGS诊断效能存在差异。血液标本的曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.772,在最佳截断值(0.11 RPM)下,特异性为87.50%;支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid,BALF)的AUC为0.717,在最佳截断值(0.02 RPM)下,敏感性为76.47%。所有标本合并分析显示,当RPM的最佳截断值为0.08(约8条reads/100M)时,诊断的敏感性和特异性分别为62.0%和71.4%。菌种分布分析显示,确诊组中雅致小克银汉霉(11.0%vs.2.9%)和微小根毛霉(9.0%vs.2.9%)的比例高于非确诊组(P<0.05)。确诊组的C反应蛋白和白细胞介素-6水平亦高于非确诊组(P<0.05)。值得注意的是,7例肾灌注液样本的mNGS结果均为假阳性。结论 mNGS技术可有效提升毛霉菌病的诊断阳性率,但其结果需结合标本类型、序列数及患者临床特征进行综合解读。BALF样本敏感性高,适合筛查;血液样本特异性强,适合确诊。肾灌注液等低生物量样本的阳性结果需警惕假阳性。菌种鉴定和炎症标志物可为临床诊断提供辅助依据。

关键词

毛霉菌病 / 宏基因组二代测序 / 诊断效能 / 菌种分布