SH2B衔接蛋白3作为胃癌预后生物标志物的生物信息学分析以及实验验证

摘要

目的 运用生物信息学方法并结合实验验证SH2B衔接蛋白3（SH2B3）在胃癌细胞中的表达。方法 整合基因表达综合数据库（GEO）与癌症基因组图谱（TCGA）数据库中的胃癌RNA-sep数据及芯片数据集，筛选差异表达基因并取交集，对交集基因进行基因本体论（GO）分析、京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析以及蛋白质相互作用（PPI）网络分析。基于数据库探讨SH2B3表达及其与临床特征和免疫浸润的相关性，并通过RT-qPCR验证其在胃癌细胞中的表达水平。结果 GO分析显示，基因主要参与血管发育、细胞外基质以及氧化还原酶活性等过程。KEGG分析表明，基因富集于PI3K-Akt通路、细胞因子互作以及癌症通路等。基因集富集分析（GSEA）显示，SH2B3显著富集到上皮-间质转化、IL-6/JAK/STAT3信号通路、KRAS-UP以及KRAS-DN信号通路。SH2B3在胃癌细胞中表达显著升高，且关联较差的生存预后，SH2B3高表达患者总生存期风险比（HR）为1.62; SH2B3对静止CD4⁺记忆T细胞、浆细胞、活化NK细胞呈负调控，对活化CD4⁺记忆T细胞、静止NK细胞呈正调控。RT-qPCR分析发现，SH2B3在胃癌AGS（P<0.01）、HGC-27（P<0.05）、NCI-N87（P<0.05）细胞系中高表达。结论 SH2B3在胃癌细胞中呈高表达，且与患者不良预后以及肿瘤免疫微环境调控紧密相关。SH2B3可能通过上皮-间质转化信号通路介导胃癌进展。

关键词

胃癌 / 差异表达基因 / SH2B适配蛋白3 / 生物标志物 / 生物信息学 / 上皮-间质转化 / 免疫浸润 / 信号通路

基金资助

国家自然科学基金资助项目(82160534); 中央引导地方科技发展基金(25ZYJA003); 甘肃省卫生健康领域重大科技创新项目(GSWSZD2024-01); 甘肃省自然科学基金(23JRRA1491); 甘肃省卫生行业科研项目(GSMSQN2021-004)