宫颈上皮内瘤变3级患者凋亡相关长链非编码RNA表达谱的鉴定

摘要

目的：长链非编码RNA(long non-coding RNAs,lncRNAs)在肿瘤的发生和发展中发挥重要作用。宫颈上皮内瘤变3级(cervical intraepithelial neoplasia grade 3,CIN3)是宫颈癌中最严重的癌前病变。然而，lncRNAs在CIN3中的作用机制尚未明确。本研究旨在总结CIN3中的lncRNAs表达谱特征，并筛选出凋亡相关lncRNAs。方法：收集CIN3患者的癌组织及癌旁组织标本。通过RNA测序(RNA sequencing,RNA-Seq)鉴定CIN3的lncRNAs差异表达谱，并采用实时反转录聚合酶链反应(real-time reverse transcription PCR,real-time RT-PCR)进行验证。利用基因本体(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)对差异表达分子进行功能富集。通过对lncRNAs的顺式和反式调控分析获得潜在的靶基因。此外，本研究通过CuffLinks分析预测了新的转录本和lncRNAs以期发现新的肿瘤调节分子。结果：在CIN3中共发现1 555个差异表达基因、1 562个差异表达mRNAs、241个差异表达ncRNAs和6 616个新预测的差异表达lncRNAs，其中上调和下调最显著的lncRNAs分别是NR＿145433.1和ENST00000513672.1。KEGG分析显示lncRNAs潜在靶基因与细胞凋亡通路、代谢通路、p53等肿瘤相关通路密切相关。5个凋亡相关lncRNAs(NR＿145433.1、ENST00000510610.2、UC001Kfo、ENST00000602964.1和NR＿123733.1)的real-time RT-PCR验证结果与测序结果相符合。结论：提供了全面的CIN3患者lncRNAs表达谱，特别是凋亡相关的lncRNAs表达谱，为宫颈癌的促癌分子机制研究和治疗靶点寻找提供了新的方向和线索。

关键词

长链非编码RNA / RNA测序 / 宫颈上皮内瘤变3级 / 宫颈癌 / 细胞凋亡

基金资助

湖南省自然科学基金(2023JJ30763); 湖南省卫生健康委员会科研计划项目(D202311007103)