基于TCGA数据库筛选、分析并验证宫颈癌生物标志物

摘要

目的 基于生物信息学筛选分析宫颈癌差异表达基因(differentially expressed gene,DEGs)及差异表达miRNA,并进一步对差异基因和蛋白进行验证,以期寻找潜在的生物标志物和治疗靶点。方法 从肿瘤基因组图谱(the cancer genome atlas,TCGA)数据库获取宫颈癌相关数据,edgeR算法筛选DEGs和差异miRNAs。利用Cytoscape3.8.2软件构建mRNA-miRNA共表达网络。利用DAVID软件对DEGs和通过miRWalk网站预测的差异miRNA的目标基因进行GO富集分析和KEGG富集分析。利用qPCR和Western印迹技术对DEGs进行进一步验证。结果 筛选出149个上调的DEGs和171个下调的DEGs,以及46个上调的差异miRNAs和64个下调的差异miRNAs。DEGs和miRNA目标基因在细胞组成上的富集具有一致性,都富集在胞质、核和核质中。但共表达网络发现DEGs和差异miRNAs之间不存在明显的调控关系。因此,后续实验重点放在了对DEGs的验证上,对差异表达性较为显著的TCEAL6、CLEC3B、LMOD1、CNN1进行了验证。qPCR显示它们在宫颈癌中表达量均显著降低,符合预期,对CNN1进行的Western印迹也显示其在宫颈癌中的低表达。结论TCEAL6、CLEC3B、LMOD1、CNN1在宫颈癌中均显著低表达,有望成为宫颈癌生物标志物。

关键词

宫颈癌 / 差异表达基因 / 差异表达miRNAs / TCEAL6基因 / CLEC3B基因 / LMOD1基因 / CNN1基因