结肠癌免疫相关lncRNA风险预测模型的建立

摘要

目的 分析影响结肠癌预后的免疫相关lncRNA,并构建预测结肠癌患者预后的相关预测模型。方法 下载TCGA数据库中的结肠癌lncRNA表达谱,数据经TPM标准化后分析所有lncRNA的差异性表达,其中缺失值的补充采用KNN法,通过共表达方法提取并鉴定免疫相关lncRNA,然后对差异性表达的lncRNA进行LASSO回归分析,再进行单因素和多因素COX回归分析。最后使用R 4.0.2统计学软件的ggplot2包基于lncRNA风险评分与基因表达关系,构建风险因子关联图、KM曲线及评价模型预测价值的ROC曲线。结果 经过表达差异性分析发现,共有2 258个lncRNA在癌和癌旁组织中差异性表达,其中上调的有1 648个,下调的有610个。选取差异表达前100位的免疫相关lncRNA进行LASSO回归分析,共筛选出12个lncRNA,再进行单因素和多因素COX回归分析后显示AC092723.1、AC007182.1和AC004947.1与预后明显相关,使用R 4.0.2统计学软件构建预后风险因子关联图,ROC曲线显示其预测1年、3年和5年的预测价值均较高,其AUC分别为0.79 (95%CI:0.67～0.91),0.78 (95%CI:0.66～0.9),0.7(95%CI:0.51～0.9)。结论 研究使用TCGA公共数据库进行生物信息学分析并构建的预后模型显示有较高的预测价值,除具有一定的临床意义外,对未来lncRNA相关结肠癌的研究也提供了一定的方向。

关键词

TCGA数据库 / 结肠癌 / 免疫相关lncRNA