基于生物信息学方法分析肝癌和糖尿病共有的关键基因和信号通路

摘要

目的 利用生物信息学方法探究肝癌和糖尿病共有的基因特征和致病机制。方法 在GEO(Gene Expression Omnibus)数据库中下载肝癌数据集(GSE121248)和糖尿病数据集(GSE29221),通过R语言包进行差异分析,Venn图获取共有的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。对DEGs进行GO (gene ontology)和KEGG (kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析,Cytoscape软件获取PPI (protein protein interaction)网络中的关键模块和核心基因。在NetworkAnalyst数据库中进行基因、转录因子和mi-RNA的网络互作分析。DGIdb数据库用于基因与药物的互作分析。通过Kaplan-Meier Plotter数据库分析核心基因的预后价值。结果 共筛选出39个DEGs,这些DEGs在细胞外基质、胰岛素样生长因子受体信号通路的正调控、肝素结合和P53通路等信号通路中显著富集。共筛选出6个核心基因(THBS1、DCN、BGN、COL14A1、LUM、PCOLC),其中2个核心基因(DCN、THBS1)可与相关肿瘤治疗药物互作,1个核心基因(DCN)与肝癌患者预后相关。结论 DCN可能是治疗糖尿病并发肝癌的潜在药物靶点。

关键词

肝癌 / 糖尿病 / 生物信息学 / 关键基因 / 信号通路 / 预后