胃癌预后标志物circRNA-miRNA-mRNA的ceRNA网络生物信息学分析

摘要

目的 构建胃癌（gastric cancer,GC）中与预后相关的circRNA-miRNA-mRNA竞争性内源RNA（competing endogenous RNA,ceRNA）调控网络,探究诊治靶点。方法 从GEO、TCGA数据库中获得GC中差异表达的circRNAs （circular RNA,circRNA）及相关miRNAs （microRNA,miRNA）、mRNAs,利用Cytoscape构建circRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络,关注差异表达mRNAs功能,确定枢纽基因,最终通过Kaplan-Meier生存分析确定其预后价值。结果 ceRNA网络由差异表达的2个circRNAs、5个miRNAs和349个mRNAs组成。功能富集分析提示差异mRNAs在“肌肉系统发育”、“金属离子跨膜转运蛋白活性”、“突触膜”和“钙信号通路”等方面和通路显著富集。构建了包含125个节点和165条边的PPI网络,并鉴定出10个枢纽基因,生存分析提示低ADAR1D或PTGFR表达可能导致GC患者预后不良。结论 成功构建了与GC预后相关的circRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络,确定了hsa_circ₀001190/hsa-miR-7-5p/ADRA1D和hsa_circ₀036287/hsa-miR-3127-5p/PTGFR两个在GC中具有潜在预后价值的轴,为GC的靶向诊治与研究提供新的依据。

关键词

环状RNA / 胃癌 / 竞争性内源RNA / mRNA / 预后