高通量测序数据再分析在识别结直肠癌患者ERBB2扩增中的价值

摘要

目的评估未涵盖即ERBB2拷贝数变异（copynumbervariation,CNV）分析的高通量测序（highthroughput sequencing,HTS）数据再分析在识别结直肠癌患者ERBB2扩增中的价值。方法 回顾性分析经病理活检确诊为结直肠癌并接受外周血cfDNA高通量测序样本的检测数据252例。根据经免疫组织化学（immunohistochemistry,IHC）和/或荧光原位杂交（fluorescence in situ hybridization,FISH）判断为ERBB2未扩增样本的HTS数据，计算17号染色体（Chr17）reads数占总reads数的比例范围，初步确定其为识别ERBB2扩增的阈值。根据初步阈值筛选可疑阳性样本，通过数字PCR、IHC和FISH进行验证。结果 89例经IHC和/或FISH判定为ERBB2未扩增样本的Chr17 reads数与总reads数的比值为0.239±0.192 （0.188～0.299）。以均数的1.25倍0.298作为识别ERBB2扩增的阈值分析其余163例样本数据，发现7例疑似阳性，比值为0.302～0.853。其中5例经IHC和/或FISH判定为阳性，6例经数字PCR验证为阳性，Chr17 reads与总reads数的比值与ERBB2/EIF2C1比值成正相关，相关性好（r²=0.909）。结论再分析未涵盖ERBB2 CNV分析的HTS数据可以初步识别结直肠癌患者的ERBB2扩增。

关键词

高通量测序(HTS) / 数字PCR / 免疫组织化学(IHC) / 荧光原位杂交(FISH) / 直肠癌

基金资助

国家自然科学基金面上项目（82172348）; 上海市宝山区医学重点专科项目（BSZK-2023-A18）