基于GEO数据库筛选年龄相关性听力损失关键基因的分析研究

摘要

目的 应用生物信息学方法筛选年龄相关性听力损失的关键基因，探讨为年龄相关性听力损失的临床诊断和治疗提供新理论依据。方法 从GEO数据库中获取与年龄相关性听力损失相关的两个数据集，通过GEO2R工具分析差异表达基因；利用DAVID在线软件对差异表达基因进行功能富集分析；利用STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白互作网络图；利用Cytoscape软件中的CytoHubba插件筛选出关键基因，最后在动物模型中加以验证。结果 从GSE127204和GSE196870数据集中选出100个共有差异基因(differentially expressed genes, DEGs);GO(gene ontology, GO)和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genome, KEGG)富集分析发现差异表达基因主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用等通路；利用Cytoscape软件筛选出关键基因，包括IRF7、PTPRC、CXCL10、IFI44、IFI204、USP18和CD4。在此基础上通过RT-qRCR检测小鼠耳蜗组织中7个关键基因的表达，进一步验证以上7个基因在年龄相关性耳聋中均为高表达。结论 本研究利用生物信息学筛选结合RT-qRCR检测小鼠耳蜗组织等实验结果，证实在年龄相关性听力损失中7个关键基因表达显著升高。该研究为年龄相关性听力损失的前期诊断和临床治疗提供新思路和理论依据。

关键词

年龄相关性听力损失 / 枢纽基因 / 蛋白互助作用 / 富集分析