子宫颈癌淋巴结转移全转录组表达谱的分析与验证

摘要

目的 通过高通量测序及生信分析，挖掘子宫颈癌淋巴结转移调控机制。方法 收集3例淋巴结转移、3例无淋巴结转移的子宫颈癌组织，全转录组高通量测序筛选差异表达信使RNA（mRNA）、微小RNA（miRNA）和长链非编码RNA（lncRNA）(|log₂FC|≥1、P<0.05),构建竞争内源性RNA（ceRNA）网络，进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。癌症基因组图谱（TCGA）数据集转移相关mRNA与ceRNA网络中mRNA取交集，检测交集mRNA表达情况。结果 高通量测序筛选出差异表达的118个mRNA（47个上调，71个下调）、5个miRNA（1个上调，4个下调）和64个lncRNA（35个上调，29个下调）,构建22个mRNA、5个miRNA、13个lncRNA的ceRNA网络。GO分析发现22个mRNA主要富集在趋化因子调节、tRNA甲基转移酶活性等；KEGG通路分析发现22个mRNA主要富集于Wnt、Rap1、MAPK、TNF等信号通路。TCGA数据集筛选出1 404个转移相关的mRNA,与22个mRNA取交集后得到TRMT9B、FRAS1、BEND7、SLC35G1,实时定量聚合酶链反应结果显示，相比于无淋巴结转移的子宫颈癌患者，淋巴结转移的子宫颈癌患者BEND7（Z=3.628,P<0.001）、FRAS1（Z=2.570,P=0.010）和TRMT9B（Z=3.024,P=0.002）mRNA相对表达量更低，SLC35G1（Z=1.965,P=0.049）mRNA相对表达量更高。免疫组化结果显示，BEND7表达与国际妇产科联合会分期、淋巴脉管间隙浸润和淋巴结转移有关（χ²=17.500,P<0.001;χ²=4.351,P=0.037;χ²=17.500,P<0.001）。结论 本研究描绘子宫颈癌淋巴结转移表达谱，构建ceRNA网络，筛选并验证4个子宫颈癌淋巴结转移相关分子，为深入研究子宫颈癌淋巴结转移分子机制提供了思路。

关键词

子宫颈癌 / 全转录组高通量测序 / 淋巴结转移 / 竞争内源性RNA / 表达谱