基于生物信息学构建头颈部鳞癌微小RNAs预后预测模型

摘要

目的 探究头颈部鳞癌(HNSCC)中微小RNAs(miRNAs)表达情况与无复发生存期之间的相关性，并构建预后预测模型。方法 利用TCGA数据库获取头颈部鳞癌的miRNAs表达谱与临床信息，通过单因素和多因素COX分析筛选出与无复发生存期相关的miRNAs,构建预后预测模型，并用受试者工作特征(ROC)曲线验证模型的准确度。通过京都基因与基因组百科全书(KEGG)和基因本体(GO)富集分析进一步探究miRNAs在细胞通路和分子功能方面的生物学意义。结果 筛选出7个与预后相关的miRNAs(miR-502-5p、miR-499-5p、miR-216a-5p、miR-548e-3p、 miR-203-3p、miR-6837-5p和miR-320b)用以构建模型，Kaplan-Meier结果显示高风险组患者的无复发生存期低于低风险组患者(P<0.001)。ROC曲线显示，训练集、测试集和整集的5 a生存期曲线下面积分别为0.888、0.599、0.701。基因富集分析结果提示，miRNAs与局部黏附通路、调节干细胞多能性信号通路、转化生长因子-β信号通路、Wnt信号通路、FoxO信号通路等密切相关。结论 本研究构建的HNSCC miRNAs预后预测模型可有效预测患者的无复发生存期，并作为判断预后的重要指标。

关键词

头颈部鳞癌 / 微小RNAs / 预后 / 癌症基因组图谱