基于生物信息学筛选肝脏缺血-再灌注损伤泛凋亡关键基因

摘要

目的 探讨泛凋亡与肝脏缺血-再灌注损伤（HIRI）之间的关系，筛选HIRI的泛凋亡关键基因。方法 通过基因表达综合数据库和GeneCards数据库获得泛凋亡相关差异表达基因（PDG）。通过基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）以及基因集富集分析（GSEA）探索PDG相关的生物学途径。构建蛋白质相互作用网络。筛选关键基因，评估关键基因的诊断价值，并在HIRI小鼠中进行验证。基于转录样本中不同细胞类型相对丰度算法进行免疫细胞浸润分析。结果 经筛选共获得16个PDG。GO结果显示，PDG与细胞代谢密切相关；KEGG结果显示，PDG主要富集在细胞凋亡等细胞死亡途径以及肿瘤坏死因子信号通路等免疫相关信号通路；GSEA结果显示，关键基因主要富集在丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路等免疫相关信号通路。筛选出DFFB和TNFSF10 2个关键基因，其在诊断HIRI方面准确度高，曲线下面积分别为0.964、1.000。免疫浸润分析结果显示，对照组静息自然杀伤细胞、M2型巨噬细胞等浸润较多，HIRI组M0型巨噬细胞、中性粒细胞、初始细胞等浸润较多。实时荧光定量聚合酶链反应结果显示，与Sham组比较，HIRI组小鼠肝组织DFFB信使RNA相对表达量增加，TNFSF10信使RNA相对表达量降低。Cibersort分析结果显示，初始B细胞浸润丰度与DFFB表达呈正相关（r=0.70,P=0.035）,M2型巨噬细胞浸润丰度与TNFSF10表达呈正相关（r=0.68,P=0.045）。结论 泛凋亡相关基因DFFB和TNFSF10可能是HIRI潜在的生物标志物和治疗靶点。

关键词

肝移植 / 缺血-再灌注损伤 / 泛凋亡 / 生物信息学 / 免疫微环境 / 治疗靶点 / DFFB / TNFSF10

基金资助

广西重点研发计划项目（桂科AB24010059）; 广西自然科学基金区域高发疾病研究联合专项资助项目（2023GXNSFAA026142）