肺缺血-再灌注核心基因介导的竞争性内源性RNA网络的构建

摘要

目的 分析肺缺血-再灌注损伤发生的核心基因并构建竞争性内源性RNA(ceRNA)网络。方法 从基因表达综合（GEO）数据库下载GSE145989的原始数据当作训练集，GSE172222和GSE9634数据集作为验证集，并鉴定差异表达基因（DEG）。进行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，筛选核心基因并分析核心基因的诊断价值、免疫细胞的免疫浸润水平。构建并验证ceRNA网络。分析基于ceRNA网络的靶向药物。结果 共检测到179个DEG，其中61个下调基因，118个上调基因。GO分析结果显示，DEG与细胞迁移、分化和调节等生物学过程有关；与内吞囊泡膜、浆膜和膜筏等细胞成分有关；与趋化因子受体、G蛋白偶联受体、免疫受体活性和抗原结合等分子功能有关。KEGG分析显示DEG参与肿瘤坏死因子（TNF）、Wnt、白细胞介素（IL）-17和核因子（NF）-κB等信号通路。PPI网络提示CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因。ceRNA网络提示miR-146a-3p、miR-28-5p和miR-593-3p与CD3G的表达相关；miR-149-3p、miR-342-5p、miR-873-5p和miR-491-5p与IL2RG表达相关；miR-194-3p、miR-512-3p、miR-377-3p和miR-590-3p与SYK表达相关；miR-590-3p和miR-875-3p与CD8A表达相关；miR-143-5p、miR-1 231、miR-590-3p、miR-875-3p与STAT1表达相关。CD3G有13种靶向药物，IL2RG有4种靶向药物，SYK有28种靶向药物，lncRNA MUC2有3种靶向药物，未发现CD8A、STAT1和其他ceRNA网络基因的靶向药物。结论 CD8A、IL2RG、STAT1、CD3G和SYK是肺缺血-再灌注损伤的核心基因，对核心基因进行研究分析可能有助于肺缺血-再灌注损伤的诊断，并提供新的研究思路和治疗靶点。

关键词

肺移植 / 缺血-再灌注损伤 / 核心基因 / 竞争性内源性RNA(ceRNA) / 微小RNA / 长链非编码RNA / 环状RNA / 信号通路