酒精性肝炎自噬关键基因的筛选及生物信息学分析

摘要

目的 筛选酒精性肝炎（AH）的自噬关键基因，探讨AH潜在的生物标志物和治疗靶点。方法采用基因表达综合数据库（GEO）中的2个AH基因芯片和从MSigDB、GeneCards数据库中获得的自噬相关数据集，通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）获取关键基因。对筛选的关键基因进行基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）功能富集分析，蛋白质相互作用（PPI）分析，免疫浸润分析，构建信使RNA(mRNA)-微小RNA(miRNA)网络，进行酒精性肝病不同分期的自噬相关关键基因的表达差异分析，并进一步通过实时荧光定量逆转录聚合酶链反应（RT-qPCR）在AH患者和小鼠肝脏组织中验证。结果 本研究筛选得到了11个与AH自噬相关的基因（EEF1A2、 CFTR、 SOX4、 TREM2、 CTHRC1、 HSPB8、 TUBB3、PRKAA2、RNASE1、MTCL1、HGF），均为上调基因。在AH患者和小鼠肝脏组织中，SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2在AH组中的相对表达量均高于对照组。结论 SOX4、TREM2、HSPB8、PRKAA2可能是AH潜在的生物标志物和治疗靶点。

关键词

酒精性肝炎 / 自噬 / 关键基因 / 生物信息学 / 加权基因共表达网络分析(WGCNA) / 基因本体(GO) / 京都基因和基因组百科全书(KEGG) / 蛋白质相互作用(PPI)