低氧环境下生长的卵巢癌细胞株SKOV3的转录组分析

摘要

目的 探讨卵巢癌细胞在常氧与低氧环境培养下mRNA表达谱的差异。方法 将卵巢癌细胞株SKOV3置于低氧(2%)与常氧(21%)环境下培养，应用氧探针进行细胞乏氧状态检测，应用高通量测序对细胞内整体的mRNA进行测序，应用生物信息学分析工具对测序结果进行基因表达差异分析与功能富集分析，应用逆转录实时荧光定量PCR进行相关差异基因表达的进一步验证。结果 与常氧培养的细胞相比，在低氧环境下培养的细胞共有999个基因表达显著上调，646个基因表达显著下调。这些表达差异基因参与细胞外基质形成、细胞黏附、糖酵解、纤毛组装等生物学过程以及癌症信号、PI3K-AKT信号、RNA转运以及肿瘤胆碱代谢等信号通路。逆转录实时荧光定量PCR结果验证了低氧组的HILPDA、MT1B、CA9、MT1X与LOX-L2基因表达明显高于常氧组，而低氧组的WARS1、CHAC1、PSAT1、UPP1与DDX5基因表达明显低于常氧组。结论 本研究揭示了在不同浓度氧环境下卵巢癌细胞mRNA转录水平差异表达的相关基因及分子通路，为进一步探讨低氧环境对卵巢癌细胞生长影响的潜在分子机制提供实验基础。

关键词

低氧 / 转录组 / 卵巢癌 / SKOV3细胞