结构知识引导的蛋白质结构预测方法

摘要

针对蛋白质结构从头建模难度大的问题，提出一种基于APL(angle probability list)结构知识的蛋白质结构预测(structural knowledge-guided protein structure prediction, SK-PSP)方法.将一个优化的蛋白质结构能量评估函数与APL结构知识结合实现构象采样，采样结果通过三重过滤算子生成初始种群，采用子群进化模式增强种群多样性，通过构建基于蒙特卡洛最小化的局部搜索策略提高SK-PSP方法的全局寻优能力.对比实验结果验证了所提方法的有效性.SK-PSP方法能够生成与实验测定结构相似的拓扑结构，且在部分测试目标上优于其他参考算法，为缺乏同源信息的蛋白质结构建模提供了一个新的视角.

关键词

蛋白质结构 / 构象取样 / 结构知识 / 局部搜索