山羊源海氏肠球菌SMU2502基因组及抑菌物质基因分析

摘要

旨在通过研究山羊源海氏肠球菌SMU2502的基因组序列，挖掘出有潜在利用价值的功能性基因.采用Illumina PE150测序平台，完成了海氏肠球菌SMU2502的基因组测序工作，并在GO、KEGG、COG、和NR数据库对基因组的基本功能进行注释.结果显示，海氏肠球菌SMU2502的基因组大小为3 058 643 bp,平均CG含量约为36.82%;编码基因数量约为2 931个，总编码基因长度约为2 559 384 bp;在COG数据库中，海氏肠球菌SMU2502基因组共有2 016个基因被注释，基因组内包含冷休克、碱休克、热休克、耐酸膜、氧化还原、DNA修复蛋白等相关基因；海氏肠球菌SMU2502在NR数据库中被注释的基因有2 832个，基因组中包含Ⅱ型羊毛硫肽、穿孔素、溶菌酶、NAD(P)/FAD依赖型氧化还原酶等抗菌物质和抗氧化物质相关基因.结果表明，对山羊源海氏肠球菌SMU2502进行基因组测序和功能性基因的筛选，证实SMU2502具有逆境应答、抗菌物质和抗氧化相关基因，为其作为新型抗菌制剂备选菌株提供理论依据.

关键词

山羊 / 海氏肠球菌 / 基因测序 / 基因功能注释 / 细菌素