云南省柯萨奇病毒A组10型的全基因组分析

摘要

目的 分析从2022年手足口病患儿粪便样品中分离到的柯萨奇病毒A组10型（coxsackievirus A10,CVA10）分离株的全基因组特征。方法 经人横纹肌肉瘤细胞（human rhabdomyosarcoma,RD）分离得到该分离株，将其命名为155/YN/CHN/2022。提取病毒RNA，采用反转录聚合酶链反应（reverse transcription polymerase chain reaction,RT-PCR）扩增其VP1序列，鉴定血清型。然后分段全基组扩增并拼接155/YN/CHN/2022的全基因组序列，利用MEGA7.0、DNAStar7.1和Simplot3.5.1等软件对序列进行分析。结果 CVA10分离株155/YN/CHN/2022经扩增及拼接后得到的全基因组序列长为7403 nt，其中5'UTR区为746 nt,3'UTR区为76 nt，编码区长6552 nt，该分离株与CVA10原型株的核苷酸序列和氨基酸序列一致性分别为78.43%和95.30%，而与其他国内外CVA10分离株的核苷酸序列和氨基酸序列一致性分别为91.18%～95.06%和97.63%～98.54%。系统发育分析发现，155/YN/CHN/2022位于C基因型。P1、P2、P3系统发育结果显示，在P2、P3非编码区，该分离株与其他血清型毒株可能发生过重组。Simplot重组分析也显示，CVA10分离株155/YN/CHN/2022可能在非编码区出现重组事件。结论 CVA10分离株155/YN/CHN/2022属于C基因型，和近年来中国大陆流行株属于同一基因型。

关键词

手足口病 / 柯萨奇病毒A组10型 / 全基因组 / 进化分析

基金资助

云南省重大科技专项计划基金（202202AA100016）