基于生物信息学识别与肺癌患者预后和免疫微环境相关的铜死亡基因

摘要

目的 通过生物信息学挖掘与肺癌患者预后和免疫微环境相关的铜死亡基因。方法 本研究使用的肺癌数据集来源于TCGA数据库。铜死亡相关基因（cuproptosis-related gene,CRGs）获取于此前报道的文献。R软件Deseq2包鉴定肺癌组织中的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）。取DEGs和CRGs的交集，以获取差异表达的铜死亡相关基因（differentially expressed CRGs,DE-CRGs）。COX分析和R软件rms包鉴定与肺癌患者预后相关的DE-CRGs。ESTIMATE和CIBERSORT算法识别DE-CRGs与免疫微环境的相关性。结果 相较于正常组织，TCGA数据库的肺癌组织中共存在5 269个DEGs，并与CRGs存在11个交集。11个DE-CRGs主要调控能量代谢、碳代谢和氨基酸代谢。DE-CRGs中，LIPT1是肺癌的独立风险因素，并且与临床特征（年龄、TNM分期和残留肿瘤）构建的列线图对肺癌患者生存的预测结果与患者的实际结局相近。LIPT1表达与M1和M2型巨噬细胞、活化的自然杀伤细胞、CD8+T细胞的浸润呈现正相关（P <0.05），与M0型巨噬细胞、激活的肥大细胞、中性粒细胞和Treg细胞显现显著的负相关（P <0.05）。结论 LIPT1可作为肺癌的预后和免疫微环境相关的铜死亡基因，是肺癌治疗的新型生物标志物。

关键词

肺癌 / 生物信息学 / 铜死亡 / 预后 / 免疫微环境

基金资助

云南省兴滇英才支持计划-青年拔尖人才基金（YNWR-QNBJ-2019-147）; 云南省血液临床医学中心开放基金（2023YJZX-XY06）