基于生物信息学和细胞实验探讨APOE在结肠癌耐药中的作用

摘要

目的 通过生物信息学和细胞实验阐述APOE在结肠癌耐药中的潜在机制。方法 从GEO数据库下载微阵列数据集GSE196900，利用在线工具GEO2R分析耐药组和对照组之间的差异表达的基因，差异基因进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）途径富集分析。然后构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络，利用STRING数据库和Cytoscape软件鉴定枢纽基因，以评估枢纽基因在结肠癌中的预后价值。通过Western blod和qRT-pcr检测APOE表达量变化，通过Transwell检测结肠癌细胞的迁移和侵袭能力变化。结果 GSE196900数据集中得到的差异基因通过GO分析和KEGG富集分析发现主要集中在受体配体活性和细胞因子-细胞因子受体相互作用通路上。利用Cytoscape软件中的CytoNCA插件进行PPI构建得到10个枢纽的基因，其中，在结肠癌患者中APOE基因的表达量越高患者预后越差（P<0.05）,APOE基因过表达能显著促进结肠癌细胞的迁移和侵袭能力（P<0.05）。结论 APOE表达量增加能显著促进结肠癌细胞的迁移和侵袭能力，这可能是APOE基因在结肠癌患者中促进肿瘤进展的机制之一。

关键词

结肠癌 / 化疗耐药 / 载脂蛋白E / 预后 / GEO