2022年两株新型柯萨奇病毒B组2型毒株的全基因组分析

摘要

目的 对云南省柯萨奇病毒B组2型重组毒株进行全基因组分析。方法 设计覆盖CVB2全基因组序列的扩增引物，采用分段PCR策略获取病毒基因组片段，通过“引物移步法”完成测序，随后进行序列组装。运用DNAStar 7.1、 MEGA 7.0、 Simplot 3.5.1与RDP4等软件进行全基因组序列分析。结果 VP1区系统发育分析显示，两株CVB2分离株均属C基因型，与云南地区近五年流行株亲缘关系最近。全基因组序列分析显示，两株分离株间核苷酸一致性为90.1%。P1-P3区进化分析表明，P2和P3区域中CVB2毒株与非CVB2血清型EVB毒株聚类。通过Simplot和Bootscan分析，发现135V3/YN/CHN/2022分离株在非结构编码区可能存在多个重组事件。此外，RDP4分析结果显示135V3/YN/CHN/2022分离株经历了涉及E31/USA/13H4/2016和CVB5/Swab/HB.HS/CHN/2019分离株的重组事件。结论 2022年云南昆明分离的两株CVB2属于C基因型并存在重组，凸显了持续监测其基因组变化的必要性

关键词

肠道病毒 / 柯萨奇病毒B组2型 / 全基因组 / 序列分析 / 重组分析