基于单细胞测序数据分析晚期脓毒血症生物信息学特点

摘要

目的：基于单细胞转录组测序揭示晚期脓毒血症的生物信息学特点，为脓毒血症的药物设计提供生物信息学参照。方法：从GEO数据库获得数据集（GSE175453）的scRNA-seq数据集中的4例晚期脓毒血症血液样本，采用Seurat包筛选每个细胞群体的差异表达基因。随后，对其进行生物信息学分析，包括基因本体论（GO）和基因组百科全书（KEGG）功能富集分析，并对数据进行拟时序分析及细胞通讯分析。结果：4例晚期脓毒血症血液样本共可得到19 117个细胞，7个细胞群体。GO分析揭示差异基因主要涉及白细胞介导的免疫反应、分泌颗粒腔及免疫受体活性；KEGG富集分析的结果表明：差异基因主要参与造血细胞系的生物学功能。单核细胞在晚期脓毒血症演变中起着重要作用，拟时序结果显示，单核细胞共具有3个分化命运，1个分化节点。细胞通讯结果表明，巨噬细胞迁移抑制因子（MIF）介导的信号通路在晚期脓毒血症细胞通讯中具有最高的发生率。结论：本研究揭示了晚期脓毒血症各细胞群体以及差异基因参与的生物信息学过程，揭示了MIF通路可能为治疗脓毒血症的潜在靶点。

关键词

单细胞测序 / 生物信息学 / 脓毒血症 / 巨噬细胞迁移抑制因子