scRNA-seq解析胶质母细胞瘤肿瘤微环境的关键预后组分

摘要

目的 利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)解析复发性胶质母细胞瘤(GBM)中肿瘤微环境的关键组分及其与患者预后的关系。方法 从GEO、TCGA和CGGA数据库中获取GBM患者的RNA测序表达数据和临床数据。使用R语言中Seurat、Harmony、FindVariableFeatures、FindNeighbors、FindClusters和CellTypist等分析包对细胞进行聚类分析，利用UMAP分析并可视化不同标记基因在细胞中的差异表达。CellChat评估细胞间相互作用。单因素COX回归分析和Kaplan-Meier分析进行相关细胞和基因的生存分析。利用高维加权基因共表达网络分析关键基因模块，并利用GO和KEGG进行富集分析。LASSO进行关键基因的筛选验证。结果 复发组胶质母细胞瘤中Na?ve CD4和Cytotoxic CD8细胞比例明显高于原发组。Na?ve CD4细胞可能通过TNF信号通路与Glioma细胞相互作用。经过筛选得到关键枢纽基因IGFBP5和RGS16，并验证得到两者在预后中具有有效价值。结论 Na?ve CD4细胞是复发性胶质母细胞瘤肿瘤微环境的关键预后组分；且IGFBP5和RGS16基因可能是潜在的治疗靶点。

关键词

胶质母细胞瘤 / 单细胞RNA测序 / 肿瘤微环境 / Na?ve CD4细胞