基于GEO芯片和网络药理学探讨康复新液对溃疡性结肠炎的机制

摘要

目的 基于基因表达综合(gene expression omnibus, GEO)数据库芯片和网络药理学分析康复新液治疗溃疡性结肠炎的机制。方法 通过文献检索收集康复新液药物活性成分，GEO芯片筛选溃疡性结肠炎的差异基因，Swiss Target Prediction数据库预测康复新液活性成分对应靶点，Cytoscape 3.9.1软件筛选核心基因，Rstudio 3.6.3软件实现富集分析，最后通过AutoDuckTools 1.5.7软件完成分子对接。结果 通过GEO数据库获取GSE75214和GSE92415数据集，获得的差异基因分别为194个和185个，通过文献检索共检索出21种康复新液药物活性成分，获得潜在靶点362个；最终获得交集基因16个。康复新液可以通过7个相关信号通路治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)。“活性成分—疾病—核心靶点—通路”网络中连接度排名靠前的药物小分子Cyclo(L-tyr-L-tyr)、Cyclo(L-Phe-L-Pro)、Cyclo(Gly-L-Phe)与核心基因白细胞介素1β(Interleukin, IL1β)、基质金属蛋白酶1(matrix metalloproteinase 1,MMP1)、基质金属蛋白酶9(matrix metalloproteinase 9,MMP9)之间的结合能均小于-5 kcal/mol。结论 康复新液通过多种生物学过程、多种途径发挥治疗作用，其主要作用的核心靶点为IL1β、MMP1和MMP9。

关键词

康复新液 / 溃疡性结肠炎 / GEO芯片 / 网络药理学