基于深度测序和生信分析挖掘高原汉族人群红细胞增多症变异的研究

摘要

目的 通过小样本外显子测序与公用数据库比对进行生物信息挖掘，探寻汉族人群高原红细胞增多症（high altitude polycythemia,HAPC）变异与发病的相关性。方法 纳入汉族高原红细胞增多症男性患者4例和高原健康男性5例，采集静脉血并提取DNA进行全外显子组测序；将测序数据进行功能学富集分析（gene ontology,GO&kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）构建突变基因蛋白质互作网络（protein protein interaction,PPI），选择显著性最高的基因，筛选潜在关键HAPC相关变异位点，初步探究相关变异与HAPC发病可能的机制。结果 通过全外显子测序，发现HAPC相关的突变基因216个，其中表皮生长因子（epidemal growth farctor,EGF）基因在功能学富集分析（GO&KEGG），蛋白质互作网络（PPI）中具有高度显著性，初步筛选出5个潜在关键HAPC相关变异位点，通过生物信息学预测及分析，最终筛选出EGF基因上3个可能的变异c.2124G>A(p.Met708Ile)、c.2351A>T(p.Asp784Val)以及c.2759A>T(p.Glu920Val)，可能是HAPC的突变位点，与HAPC发病相关。结论 本研究表明汉族EGF基因的变异与HAPC发病存在相关性。EGF基因的变异可能通过干扰RNA剪接，改变RNA二级结构，影响蛋白质结构，进而影响EGF的生成及HAPC的发生发展。

关键词

高原红细胞增多症 / EGF基因 / 生物信息学 / 全外显子测序