口腔鳞状细胞癌预后标志物的筛选及与免疫浸润的相关性分析

摘要

目的 旨在通过整合多个数据集筛选口腔鳞状细胞癌(OSCC)中预后生物标志物，并研究其与免疫浸润的相关性。方法 从基因表达综合数据库(GEO)平台中提取OSCC相关数据集GSE9844、GSE30784和GSE138206。鉴定差异表达重叠基因群(DEGs),对DEGs进行基因本体论(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，以评估DEGs参与的潜在分子过程和通路；使用STRING网站构建蛋白质与蛋白质相互作用网络图谱；使用Cytoscape软件中MCODE插件识别HUB基因；提取癌症基因组图谱网站中OSCC的表达谱数据，使用R语言工具检测HUB基因的表达情况。绘制受试者工作特征(ROC)曲线，预测正常和肿瘤组织中关键核心基因的诊断效率；使用R软件包完成HUB在OSCC免疫微环境中的表达及与24种免疫细胞的相关性分析。结果 3个数据集共鉴定出231个DEGs,包括173个上调的DEGs和58个下调的DEGs。GO功能注释分析表明，DEGs主要富集在细胞外基质形成、病毒防御反应和Ⅰ型干扰素信号通路等过程。KEGG通路富集分析结果表明，DEGs主要参与细胞外基质受体相互作用、变形虫感染、小细胞肺癌、局灶黏连、PI3K-Akt信号通路和人乳头状瘤病毒感染等重要信号通路。MCODE插件计算出最大的HUB集合，包括18个HUB基因，其中只有DDX60、XAF1、ISG15和IFIT1具备成为OSCC预后标志物的潜力。DDX60的高表达提示较差的预后，而XAF1、ISG15和IFIT1的高表达则提示患者预后较好。ROC分析结果显示，DDX60、XAF1、ISG15和IFIT1在预测肿瘤和非肿瘤方面具有一定的准确性，其中ISG15具有非常高的诊断准确性。ISG15与N分期和性别显著相关，而XAF1高表达组和低表达组在性别和吸烟方面存在显著差异，其中性别最为显著(P<0.001)。DDX60、XAF1、ISG15和IFIT1的表达与OSCC免疫微环境中大多数免疫细胞的表达正相关。结论 本研究从公共GEO数据库中挖掘了OSCC潜在生物标志物组合，为阐明OSCC的诊断、治疗和预后提供理论依据。

关键词

口腔鳞状细胞癌 / DDX60 / XAF1 / ISG15 / IFIT1 / 免疫浸润

基金资助

陕西省重点研发计划一般项目(2023-YBSF-565)