APOBEC3G对HBV复制的影响及转录组学分析

摘要

目的：基于转录组测序和生物信息学分析对(APOBEC)亚家族(APOBEC3G A3G)参与抑制乙型肝炎病毒(HBV)复制的潜在分子机制及下游信号通路预测。方法：将A3G与HBV的表达质粒(A3G组)、GFP与HBV的表达质粒(HBV组)以及空载质粒(Vector组)分别转染于Huh7细胞中，3 d后收集细胞并提取RNA进行转录组测序，检测样本中mRNA的表达情况。采用DESeq软件对基因的表达水平进行差异分析筛选出差异表达基因，通过对差异基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析，确定差异基因行使的主要功能和参与的通路，同时依据STRING数据库进行蛋白质-蛋白质互相作用(PPI)分析，构建蛋白互作网络，以寻找目的基因之间的相互关系及关键节点蛋白。结果：A3G组和HBV组相比，筛选出21个显著差异基因；GO富集分析显示的项目包括脂蛋白B mRNA编辑酶复合物的形成、EH结构域的结合、中胚层细胞命运规范的BMP信号传导途径等；KEGG通路富集分析显示可能与内吞作用和坏死相关；PPI网络发现了NOXA1、LSM10、RNF103-CHMP3等5个关键蛋白及其互作蛋白。HBV组和Vector组相比，筛选出42个显著差异基因；GO富集分析显示的项目包括离子通道活性、多种酶活性和膜成分等相关；KEGG通路富集分析显示与多种物质的代谢反应和p53信号传导等相关；PPI网络发现了UBD、CCND3、RHOD等15个关键蛋白及其互作蛋白。结论：通过转录组测序和生物信息学分析，探究A3G抑制HBV复制的潜在下游分子，丰富了A3G抑制HBV复制的机制研究。

关键词

乙型肝炎病毒 / 载脂蛋白B mRNA编辑酶催化多肽样蛋白 / 转录组测序 / 生物信息学分析