肾透明细胞癌患者血浆染色体外环状DNA分子特征的研究

摘要

目的：探讨肾透明细胞癌（Clearcellrenalcellcarcinoma,ccRCC）患者血浆染色体外环状DNA(Extrachromosomal circular DNA,eccDNAs)的分子特征，筛选ccRCC血浆差异表达eccDNAs。方法：采用Tn5转座酶标记和二代测序对ccRCC患者（ccRCC组）和健康体检者（健康对照组）的血浆eccDNAs进行测序，分析2组血浆eccDNAs长度分布、基因组注释、环状连接处核苷酸序列模式以及表达的差异。结果：ccRCC组和健康对照组血浆中分别检测出8 568和8 150个eccDNAs。ccRCC组血浆eccDNAs的长度分布、基因注释和核苷酸环状连接模式与健康对照组相比差异无统计学意义。测序结果发现与健康对照组比较，ccRCC组血浆中存在701个差异表达的eccDNAs，其中上调298个，下调403个，并筛选出25个ccRCC组特异性血浆eccDNAs，其中15个序列映射于已知的基因编码区，7个映射于已知的miRNA区，3个映射于已知的lincRNA区。TCGA数据显示11个eccDNAs映射基因的表达与ccRCC患者的生存密切相关。结论：ccRCC患者血浆中存在eccDNAs，且表达谱发生显著改变，血浆eccDNAs有望成为一种新的ccRCC分子标志物。

关键词

染色体外环状DNA / 癌,肾细胞 / 生物标志物 / 二代测序