肝细胞癌双硫死亡相关LncRNA预后模型的构建和验证

摘要

目的：评估双硫死亡相关LncRNA在肝细胞癌（Hepatocellular carcinoma,HCC）患者中作为预后指标的潜在价值。方法：从TCGA数据库中获取HCC的RNA-Seq和临床信息数据，从相关文献中获得10个双硫死亡相关基因，通过共表达分析获得双硫死亡相关LncRNA。然后利用单因素Cox回归、Lasso风险回归分析和多因素Cox回归构建基于双硫死亡相关LncRNA的预后模型，根据训练集的风险评分中位值将HCC样本划分高、低风险组，通过K-M生存曲线、ROC曲线、主成分分析（PCA）以及C-指数评估模型效果。此外，对高、低风险组差异基因进行GSEA富集分析，并对高、低风险组进行免疫功能差异分析和免疫治疗效果分析。结果：从TCGA-LIHC数据库筛选得到320个双硫死亡相关LncRNA，单因素Cox回归分析得到40个与患者预后相关的LncRNA(P<0.05),LASSO风险回归和多因素Cox回归分析构建了6个双硫死亡相关LncRNA的预后模型（ELFN1-AS1、AL049840.2、MKLN1-AS、CYTOR、AL161645.1和AC069307.1），且K-M生存曲线、ROC曲线、主成分分析（PCA）以及C-指数验证了该模型具有良好的预测能力。对高、低风险组差异基因进行GO和KEGG富集分析，GO富集分析显示，生物学过程主要富集在外部封装结构组织，细胞组分主要富集在含胶原的细胞外基质，分子功能主要富集在细胞外基质成分。KEGG主要富集在PI3K/AKT信号通路。此外，对高低风险组差异表达基因进行功能富集分析，发现高风险组主要富集在细胞外基质受体途径，而低风险组主要富集在药物代谢细胞色素p450途径。采用GSEABase包分析高、低风险组免疫功能之间的差异，结果显示高风险组抗原呈递细胞共刺激（APC＿CO＿stimulation）、趋化因子受体（CCR）、主要组织相容性复合体Ⅰ类呈递（MHC＿class＿Ⅰ）、副炎症和辅助性T细胞2(Th2)的表达高于低风险组，高风险组的TIDE评分高于低风险组。结论：基于TCGA数据库构建了具有良好预测性能的HCC预后模型，为进一步研究双硫死亡相关LncRNA在肝细胞癌中的作用提供了新思路。

关键词

肝细胞癌 / 癌症基因组图谱 / 双硫死亡 / 长非编码RNA / 预后模型