深度覆盖蛋白质组学质谱分析：细胞蛋白提取方法的评估（英文）

摘要

综合评估了分别基于尿素(Urea)、十二烷基硫酸钠(SDS)、阴离子表面活性剂(BT)和新型总RNA抽提试剂(Trizol)的蛋白质提取方法，旨在优化基于质谱的蛋白质组学的样品制备流程.以HeLa细胞为例，利用与质谱兼容的表面活性剂BT可显著缩短提取蛋白质的总时间，减少样品制备过程中蛋白质的损失.整合了4种蛋白质提取方法，在不依赖柱前分馏技术的前提下，从HeLa细胞中鉴定出超过7000个蛋白质；并采用无标定量的方法定量测定了其中2990个蛋白质.值得注意的是，BT法和SDS法在提取膜蛋白方面具有更高的效率，而Urea法和Trizol法在提取细胞核和细胞质组分方面更有效.研究结果为深度覆盖蛋白质组学提供了蛋白质提取的新型解决方案，尤其在细胞蛋白提取方面，通过整合质谱兼容型表面活性剂与传统提取方法，有效提升了蛋白质鉴定数.

关键词

表面活性剂 / 蛋白提取 / 蛋白质组学 / 质谱