利用无标记单细胞蛋白质组学方法构建小鼠外周血单个核细胞的细胞图谱

摘要

采用抗体荧光标记法分离出T细胞、 B细胞、自然杀伤细胞和树突状细胞.使用CellenONE单细胞分选系统分选出相应的单细胞，在分选过程中应用了质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学(Mad-CASP)技术.将高疏水性肽段预先加入至分选的孔板中，从而减少了蛋白在孔板和色谱柱上的吸附.提取出单细胞蛋白并进行酶解，采用液相色谱-质谱联用(LC-MS/MS)技术对获得的肽段进行数据采集，并利用Maxquant软件中的谱图库及“运行中匹配”功能进行了蛋白质的搜库鉴定.采用维恩图和统一流形近似与投影(UMAP)技术分析了4种细胞的蛋白表达差异，对细胞的特异性蛋白进行了分子特征数据库小鼠免疫通路富集，并对计数排序前2名的通路进行了分析，同时利用模糊C均值聚类方法和京都大学基因与基因组数据库(KEGG)通路富集分析了免疫细胞共享蛋白定量值的变化，绘制了专属于小鼠外周血单个核细胞的单细胞蛋白质组学图谱.研究结果对深入理解免疫细胞的功能特征和发现疾病相关的关键蛋白标记物具有重要价值.

关键词

小鼠外周血单个核细胞 / 质谱兼容的肽段包被单细胞蛋白质组学 / 细胞图谱