靶向猴痘A42R病毒的药物筛选和再利用:结合机制的模拟研究

摘要

通过药物再利用策略,筛选出靶向猴痘病毒（MPXV)A42R蛋白的潜在抑制剂,以解决当前缺乏特异性抗猴痘药物的问题.采用分子对接、分子动力学模拟与分子力学/泊松-玻尔兹曼表面积(MM/PBSA)结合自由能计算等方法,从ZINC数据库9803个小分子中筛选出6个与A42R具有良好结合能力的候选化合物.其中,带两个负电荷的ZINC000000538152结合能力最强(-236.3 kJ/mol),其与A42R蛋白中富含精氨酸的结构域形成多个盐桥、氢键和π-阳离子相互作用,显著增强了结合稳定性.此外, ZINC000003935130虽为中性分子,但通过强范德华作用实现了次高结合强度(-102.7 kJ/mol),大于另外3个带一个负电荷的化合物.结论表明,这6个化合物都是极具潜力的、可被再利用为A42R抑制剂的候选物,因为它们的存在阻断了A42R与肌动蛋白或磷脂酰肌醇-4,5-二磷酸（PIP2）的结合,从而抑制病毒扩散.

关键词

猴痘病毒 / A42R蛋白 / 药物再利用 / 阻断机制 / 分子动力学