基于分子动力学模拟的潜在识别区域下Dectin-1对磷酸化β-(1→3)-D-葡聚糖的识别机制

摘要

结合分子对接与分子动力学（MD）模拟方法,探究了磷酸化三螺旋线性β-（1→3）-葡聚糖（TH-CP）与树突状细胞相关C型凝集素-1（Dectin-1）之间的相互作用机制.研究结果表明, O₆及O_4,6位点的磷酸化修饰在Dectin-1表面引入了稳定的潜在结合位点,使TH-CP能够与Dectin-1形成热力学上有利且结构稳定的复合物.在潜在位点的3种识别方式中,呈表位识别模式的复合物表现出显著的结合优势.这主要源于表位识别构型下,TH-CP能够与潜在位点周围更多的氨基酸残基发生协同作用,从而获得更强的范德华相互作用和静电相互作用.此外,磷酸基团中多个羟基可作为灵活的氢键供体和受体,构建区别于经典位点的新型氢键网络,使潜在位点介导的识别能力与未修饰β-（1→3）-葡聚糖在经典结合位点的识别能力相当.

关键词

β-(1→3)-葡聚糖 / 磷酸化 / 树突状细胞相关C型凝集素-1 / 识别机制 / 分子动力学模拟