利用生物信息学方法寻找作物中潜在的胞外ATP受体蛋白质

摘要

为分析作物中的胞外ATP受体蛋白质,通过NCBI数据库获取拟南芥外ATP受体蛋白质L-型凝集素受体样激酶1.9(lecRK-1.9)和L-型凝集素受体样激酶1.5(lecRK-1.5)的氨基酸序列,通过BLAST比对和同源树构建,以油菜和玉米为例,在两种作物中筛选与lecRK-1.9和lecRK-1.5亲缘关系相近的蛋白质;使用ExPASy ProtParam、 Cell-PLoc、 MEME等工具对这些蛋白质进行理化分析、亚细胞定位和二级结构预测.结果显示,油菜、玉米中的12个候选蛋白质的理论等电点为6.52～8.91,大多为疏水蛋白质; 12个蛋白质中有6个蛋白质在质膜上具有定位, 12个蛋白质二级结构比例均与拟南芥lecRK-1.9、 lecRK-1.5相似,其中有8个蛋白质在保守结构域的位置及顺序上与拟南芥lecRK-1.9、lecRK-1.5具有较高的相似性.这些在油菜、玉米中与拟南芥lecRK-1.9、 lecRK-1.5蛋白质在理化性质、亚细胞定位、二级结构以及保守结构域具有高相似性的蛋白质,可作为油菜、玉米中胞外ATP受体蛋白质的参选蛋白质.

关键词

生物信息学 / 胞外ATP受体 / 蛋白质亲缘分析

基金资助

国家自然科学基金项目(32460074,31870246); 甘肃省自然科学基金重点项目(24JRRA124); 甘肃省重点研发计划项目(22YF7NA119; 23YFNA0022); 甘肃省高等学校产业支撑计划项目(2023CYZC-20); 甘肃省科技重大专项(22ZD1NA001); 甘肃省青年科技基金项目(24JRRA670); 西北师范大学新农村发展研究院开放基金;西北师范大学研究生科研资助项目(2021KYZZ01037);西北师范大学优秀博士论文培养资助项目; 甘肃省科技计划(优秀博士)资助项目(23JRRA697,23JRRA707)