基于broccoli的RNA荧光适体设计与筛选

摘要

为了在活细胞RNA成像中提供更加精准的工具，本文旨在基于broccoli的RNA荧光标记创建荧光强度高、稳定性好的绿色荧光适体.采用理性设计对broccoli进行优化，并通过测定光谱特征和理化性质对broccoli变体进行多轮筛选.结果发现基于对RNA荧光适配体broccoli的三轮突变筛选，获得了荧光强度提升3.3倍的broccoli四位点突变体（命名为Bro）；再利用设计的3WJ支架，组建了3WJ-n×Bro RNA荧光适配体家族；采用嵌入串联重复Bro的方式可以显著提升适体的荧光强度，其中3WJ-4×Bro的荧光强度超过3WJ-Bro的2.7倍，且表现出更低的盐离子依赖性和更高的热稳定性、光稳定性和监测灵敏度.结果表明本文设计出的3WJ-n×Bro家族并从中筛选出优异的核酸适配体3WJ-4×Bro，可为在RNA水平上实现活细胞RNA成像提供可视化工具.

关键词

RNA荧光适体 / Broccoli适体 / RNA成像