淡水鱼养殖场主要病原菌耐药性及全基因组特征研究

摘要

为揭示淡水鱼重要病原菌的流行、耐药、毒力特征及系统发育关系，本研究采用分离培养和全基因组测序技术，对四川省乐山和眉山市13个淡水鱼养殖场的病鱼样本中分离的重要病原菌进行了系统研究。通过细菌培养法对病原菌进行分离鉴定，采用K-B纸片扩散法测定其对抗菌药物的敏感性，结合全基因组测序技术分析其耐药基因、毒力因子、多位点序列分型及系统发育关系。结果表明，共鉴定出52株气单胞菌、3株邻单胞菌、5株爱德华氏菌和4株弧菌；病原菌对亚胺培南、复方新诺明和诺氟沙星的耐药性较高，分别达到78.13%、46.88%和45.31%，此外，42.19%的病原菌表现出多重耐药性；在64株病原菌基因组中发现14种一级风险耐药基因（ARGs）和7种二级风险ARGs，气单胞菌中注释到266种毒力因子，弧菌中注释到97种毒力因子；多基因位点序列分型（MLST）分析揭示了淡水鱼养殖场中病原菌的多样性，基于病原菌核心基因SNP构建系统发育树显示，来自不同养殖场的相同序列类型（ST）菌株聚集于同一分支，提示不同养殖场之间可能存在克隆传播和交叉污染的情况。本研究揭示了淡水鱼病原菌耐药性问题的严重性，并指出了克隆传播和交叉感染的可能，作为科学防控提供依据。

关键词

淡水鱼养殖场 / 病原菌 / 耐药性 / 交叉感染