灰羽与白羽右江鹅羽色转录组差异初探

李晓鸣; 王健; 赵孟丽; 张蕾; 孙国波; 张干生; 陈超; 陈国顺

畜牧与兽医 ›› 2024, Vol. 56 ›› Issue (12) : 1 -9.

灰羽与白羽右江鹅羽色转录组差异初探

李晓鸣, 王健, 赵孟丽, 张蕾, 孙国波, 张干生, 陈超, 陈国顺

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摘要

旨在探索广西特有的优良地方品种右江鹅白羽和灰羽颜色的分子机制。试验采用转录组测序(RNA-seq)技术比较白羽和灰羽右江鹅的毛囊组织转录组差异，通过DESeq2软件分析两组样品的基因表达差异，使用clusterProfiler R软件包进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：共有275个基因在白羽和灰羽组中差异表达，候选基因包括酪氨酸酶相关蛋白1(TYRP1)、酪氨酸酶(TYR)、瞬时受体电位阳离子通道亚家族M成员1(TRPM1)、转化生长因子β受体2(TGFBR2)、性别决定区域Y盒蛋白5基因(SOX5)、磷脂酶Cβ2(PLCB2)、黑素亲和素(MLPH)、黑色素A(MLANA)、谷胱甘肽过氧化物酶3(GPX3)和B型内皮素受体2(EDNRB2);GO分析显示差异基因主要富集于G蛋白偶联受体信号通路、生长相关通路以及有机磷分解代谢过程；KEGG分析表明，差异基因主要集中在过氧化物酶体增殖物激活受体(PPAR)信号通路、甘油脂质代谢和谷胱甘肽代谢等通路。试验结果为进一步研究基于羽色筛选右江鹅遗传选育提供一定的理论支持。