2023—2025年河南地区猪流行性腹泻病毒分子流行病学调查

摘要

为了解目前河南地区猪流行性腹泻病毒(PEDV)流行毒株的基因型和流行情况，于2023年11月到2025年2月期间，在河南周口、南阳、郑州、许昌、平顶山、濮阳、鹤壁等18个地区的23个中小型猪场共收集62份发生仔猪腹泻的临床肠道、粪便样本，对样本进行核酸提取后，采用RT-PCR方法检测样本的PEDV N基因。对PEDV阳性样本的S基因全长进行扩增和测序，并将所得PEDV S基因全长序列进行构建遗传进化树、核苷酸、氨基酸同源性分析。结果:62份样本中PEDV阳性样本为38份，阳性率为61.29%; 38份阳性样本中有19份扩增出S基因全长;同源性分析显示PEDV S基因全长的核苷酸同源性为93.4%～100%，氨基酸同源性为80.9%～87.7%，与GⅠ基因型经典毒株CV777的核苷酸同源性为89.7%～93.3%，氨基酸同源性为73.1%～75.9%;与PEDV的近几年流行GⅡ亚型毒株CH-He N-ZLH-2022核苷酸同源性为94.8%～99.2%，氨基酸同源性为83.0%～86.5%;遗传进化树结果显示目前河南地区PEDV流行情况以GⅡ亚型为主，其中15株为GⅡa亚型、4株为GⅡc亚型;另外，根据搜集样本的时间来看，在近期搜集的样本中属于GⅡc亚型的比例呈现上升趋势，说明GⅡc亚型毒株呈现成为优势流行毒株的趋势。本试验通过对现阶段河南省PEDV S基因流行变异情况进行了分析，为未来河南省PED的疫情防控和疫苗研发提供参考依据。

关键词

猪流行性腹泻病毒 / 河南 / S基因 / 遗传进化 / GⅡa/GⅡc

基金资助

河南省自然科学基金青年科学基金项目(252300423606); 国家自然科学基金青年科学基金(C类)项目(32503038); 河南省博士后科研启动基金资助项目(HN2022124); 校企合作资助项目(30803350)