据报道
[1],先天缺牙在全球的患病率为2.2%~10.1%。根据是否伴有毛发稀疏、汗腺减少等全身异常,分为综合征型和非综合征型,其中后者更为常见
[2],仅表现为牙齿数目、大小和形状等异常。在此基础上,根据缺牙数目(除第三磨牙外)可进一步分为少数缺牙(1~5颗)、多数缺牙(不少于6颗)及全口无牙
[3]。牙齿数量的调控是复杂的生物学过程,涉及多基因的表达调控和复杂的信号级联反应。与外源性因素相比,遗传因素在非综合征型先天缺牙(nonsyndromic congenital too-th agenesis,NSTA)病因中起着主导作用
[4]。研究表明NSTA可能是一种寡基因遗传病,其发病涉及多个基因变异的累积效应
[5-6],遗传模式呈现多因素和异质性的特点
[7],其表型异质性存在于家族间及家族内
[8]。本文报道的家族性NSTA病例在临床工作中较为罕见。
1 病例报告
先证者(Ⅲ1),男,14岁,布依族,因乳磨牙脱落逾1年且对应恒牙未萌,2024年11月就诊于贵州医科大学附属口腔医院。经口腔及影像学检查(图
1~
3),Ⅲ1及其2位妹妹(Ⅲ2、Ⅲ3)确诊为先天缺牙,父母及其他亲属均无先天缺牙表现(
图4),所有患者均排除其他系统异常(
表1)及拔牙史。
Ⅲ1口内见:混合牙列期,口内未见12、13、14、15、22、23、24、25、33、35、43、45牙;16、26、27、36、37、46、47牙萌出,窝沟点隙较深,未见明显龋坏;54牙远中邻(牙合)面见龋坏,达牙本质深层,Ⅱ度松动,探痛、叩痛均为阴性,牙龈无明显异常;余无特殊。曲面体层X线片示:未见12、13、14、15、22、23、24、25、33、35、43、45恒牙胚;54牙远中邻(牙合)面低密度影,近髓,牙根吸收至颈1/3。Ⅲ2口内见:混合牙列期,52、62、65牙存,口内见多颗牙龋坏;曲面体层X线片示:12、22、25恒牙胚缺失。Ⅲ3口内见:混合牙列期,55、64、65牙存,口内见多颗牙龋坏;曲面体层X线片示:15、24、25恒牙胚缺失。
经过贵州医科大学附属口腔医院伦理委员会审查批准(伦理审查批号为2025-119),并获得患者及家属知情同意后,3位患者进行30×全基因组测序(whole genome sequencing,WGS),变异信息见
图5。该家族其他亲属拒绝参加基因检测。筛选结果使用多种生物信息学预测方法(SIFT、Po-lyphen2、MutationTa-ster、MutationAssessor、FA-THMM、PROVEAN、CADD)判断突变是否有害,至少有2种方法预测结果为有害则认为该突变会造成有害影响。根据美国医学遗传和基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG)开发的变异分类系统,筛选出5个致病的(pathogenic)变异基因,包括:细丝蛋白B(filamins-B,FLNB)、甲基巴豆酰辅酶a羧化酶2(methylcrotonyl coenzyme a carboxylase 2,MCCC2)、层粘连蛋白亚基α2(laminin subu-nit alpha 2,LAMA2)、组织蛋白酶 C(cathepsin C,CTSC)、染色质重塑蛋白家族CW型锌指结构蛋白4(chromatin remodeling protein microrchidia family CW-type zinc finger 4,MORC4)。保守性分析显示GERP++分值均大于2,被认为是保守位点,可能具有一定的功能(
表2)。
GO功能富集分析(
图6)显示:变异基因在生物过程层面主要参与发育过程(developmental process)、解剖结构发育(anatomical structure development)及细胞黏附(cell adhesion);在细胞组分层面高度集中于细胞骨架(cytoskeleton)、细胞外基质(extracellular matrix,ECM)及其结构成分(ECM structural constituent);在分子功能层面则主要涉及离子结合(ion binding)。
KEGG通路富集分析(
图7)显示,变异基因除在癌症通路(pathways in cancer)中富集最多基因外,其在Wnt信号通路(Wnt signaling pathway)及ECM-受体相互作用(ECM-receptor interaction)中也具有显著富集。
通过GeneMANIA(
http://genemania.org)构建的蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络(
图8A)显示:FLNB作为枢纽蛋白,不仅与免疫调控因子ISG15和泛素化酶UBE2L6存在直接互作,还与表观调控因子MORC-4共表达,并通过信号通路与ECM蛋白LAMA2相关联。LAMA2除了与基底膜组分DAG1、ITGA7等直接互作外,还与MORC4存在共表达关系。CTSC与炎症相关蛋白CD81、CST7等形成了互作网络。在代谢方面,MCCC2不仅与代谢通路关键蛋白HLCS、SLC5A6等直接互作,还与MORC4在基因表达上呈现相关性。然而,基于STRING(
https://string-db.org)的高置信度分析(
图8B)表明:这5个核心蛋白(LAMA2、FLNB、MORC4、MCCC2、CTSC)之间未达到有统计学意义的互作标准。
2 讨论
先天缺牙病因复杂多样,主要包括遗传因素、物理创伤、放射性辐射以及传染性疾病等,同时还受到表观遗传调控的影响
[7]。人类牙胚来源于外胚层,发生发育涉及超300个基因
[9]。有报道
[3]称先天缺牙约90%由以下7个基因变异引起,包括AXIN2、EDA、LRP6、MSX1、PAX9、WNT10A和WNT10B,但具体致病机制尚不明确。对NSTA患者基因组整体进行高通量测序,分析不同个体间的差异,同时完成变异检测及基因组结构注释,有助于深入理解病因机制,可进一步确定是否存在先前未诊断的综合征,并进行疾病风险提醒,有助于合理的疾病管理。
本文报道的3例NSTA患者来自同一家庭,生长环境相同。Ⅲ1缺失12颗恒牙,症状较Ⅲ2和Ⅲ3严重,筛选结果显示Ⅲ1特有LAMA2基因的杂合突变(c.1084A>T,p.Arg362Ter),而Ⅲ2特有MORC4基因杂合突变(c.1726C>T,p.Arg576 Ter),可见LAMA2基因突变与更严重的先天缺牙表型相关。
LAMA2在多种组织中表达,分布于肌肉基底膜、神经鞘及发育中的牙胚周围基质(成牙本质细胞和成釉细胞的成熟阶段)等处
[10],作为ECM的组织特异性成分,直接参与ECM的构建和功能调控(尤其是基底膜),调控细胞黏附、迁移和信号传导,影响上皮-间充质相互作用
[11-13]。LAMA-2致病性变异可导致LAMA2相关肌营养不良:1)先天性肌营养不良1A型(merosin-deficient conge-nital muscular dystrophy type 1A,MDC1A),主要见于婴儿,其特征是早期出现肌肉无力、张力减退,以及出现在婴儿期或出生后第1年之前的关节挛缩;2)肢带型肌营养不良(limb-girdle muscular dystrophy,LGMDR),少见报道,主要见于年龄较大的儿童,甚至出现在以肢体近端无力为特征的成年人中
[14]。有报道
[15]称LAMA2变异与生命早期的屈光不正相关,与儿童接受教育的持续时间一致。
有研究
[1]表明:4种信号通路是牙齿发育的主要路径,包括骨形态发生蛋白(bone morphogene-tic protein,BMP)信号通路、成纤维细胞生长因子(fibroblast growth factor,FGF)信号通路、音猬因子(sonic hedgehog,SHH)信号通路和WNT信号通路。1)WNT信号通路参与调控胚胎发育和干细胞分化等过程,是人类先天缺牙的主要致病通路
[1]。有报道
[16]称Wnt/β-catenin信号在中枢神经系统(central nervous system,CNS)壁细胞中活跃,并调节血管基底膜中的LAMA2沉积,促进神经血管单元和血液-CNS屏障成熟。2)成牙本质细胞和成骨细胞等细胞可产生BMP,并分泌到ECM中。人类遗传学研究
[17]表明:BMP信号通路是WNT信号通路的下游通路,在牙本质发生过程中不可或缺且具有多种作用,BMP、BMP受体、BMP拮抗剂及其下游基因(如转录因子Runx2、Osx、Dlx3、MSX1、MSX2和PAX9)的突变,以及胶原与非胶原蛋白,包括牙本质涎磷蛋白(dentin sialophosphoprotein,DSPP)和牙本质基质蛋白1(den-tin matrix protein-1,DMP1)的异常,会导致牙本质发育缺陷。3)FGF信号通路包含一个庞大的生长因子家族,调节包括细胞增殖、迁移和分化在内的多种生物过程
[18]。研究
[19]表明:FGF信号传导障碍是部分缺牙的主要致病机制,对牙胚从基板期向蕾状期的转变至关重要,这一过程确定了上皮-间充质相互作用。4)SHH信号通路似乎是上颌切牙发育特有的
[20],为Hedgehog信号通路的核心配体,通过经典和非经典机制调控发育、稳态及疾病。有研究
[21]发现LAMA2通过调节Hedgehog信号通路来调节间充质干细胞的成骨和脂肪生成。综上,虽无直接证据,但推测LAMA2变异可通过破坏基底膜完整性、调控以上相关信号通路等间接影响NSTA表型严重程度。
本报道中其余的致病性变异基因同样缺乏与NSTA的直接联系。1)MORC4的mRNA在正常组织中以低水平广泛表达
[22]。从基因功能角度,MORC4参与染色质重塑,若突变可能影响牙发育关键基因的甲基化或组蛋白修饰
[23]。2)FLNB作为Filamin肌动蛋白结合蛋白家族的成员,在骨骼发育中起着关键作用。不仅参与肌动蛋白交联、黏着斑激酶(focal adhesion kinase,FAK)和整合素信号传导,而且在转录调控中发挥重要作用
[24],其变异可导致常染色体显性骨骼疾病,如Larsen综合征等
[25]。在本病例中,FLNB可能主要影响颌骨及牙周组织的形成。3)MCCC2在亮氨酸和异戊酸的分解代谢、细胞代谢、能量产生中起着重要作用,可导致3-甲基巴豆酰辅酶A羧化酶缺乏症(3-methylcrotonyl-coenzyme A carboxylase deficiency,3-MCCD)
[26]。目前,尚无证据表明MCCC2可致先天缺牙,猜测可能产生某些间接影响,如亮氨酸代谢障碍间接影响颌骨和牙胚细胞的能量供应,或某些代谢酶突变通过表观修饰影响牙胚发育基因,需进一步研究。4)CTSC在细胞毒性T细胞、自然杀伤细胞、肥大细胞和中性粒细胞中丝氨酸蛋白酶的激活中起着关键作用,强调了其在免疫和炎症防御中的关键意义。CTSC变异可致Papillon-Lefevre综合征,是一种罕见的常染色体隐性遗传疾病,特征为对称的掌足底角化过度症,以及严重的牙周病
[27]。CTSC致病性变异所致的牙齿缺失与先天缺失不同,主要是CTSC失活导致中性粒细胞功能异常,引发过度炎症反应,破坏牙周组织,与先天性牙齿缺失关系有待进一步探究。
GO富集分析显示:变异基因功能主要富集于发育相关过程、细胞黏附与骨架、ECM、离子结合与代谢等,提示可能与发育障碍(如神经管缺陷)、肿瘤转移(ECM重塑)或遗传性骨骼病(胶原异常)相关。KEGG富集分析显示,变异基因相关通路主要富集于肿瘤与增殖信号、免疫调控、心血管疾病及代谢异常,提示可能与肿瘤、心血管疾病和免疫系统疾病有关。
本研究的PPI网络分析揭示了潜在的蛋白质相互作用关系,并推测了NSTA发病的几种可能机制:FLNB-LAMA2-MORC4互作轴提示,ECM的力学信号可能通过FLNB来调控MORC4介导的表观遗传修饰;MCCC2-MORC4的遗传互作则提示,亮氨酸代谢异常可能通过影响乙酰辅酶A水平,进而改变组蛋白乙酰化状态,从而潜在影响牙齿发育相关基因的表达;此外,CTSC与炎症因子和发育相关蛋白酶的双重互相作用,暗示其在维持牙胚微环境稳态中可能扮演的角色。这些基于生物信息学预测的发现为理解NSTA的病因异质性提供了新的假设和研究视角,即ECM异常、代谢紊乱和表观失调或许通过不同途径导致相似表型。需要强调的是,以上部分的相互作用尚未经实验验证,未来需结合体内外模型解析具体机制。
在NSAT的发病机制中,FLNB、MCCC2、LAMA2、CTSC和MORC5可能通过调控不同的靶细胞参与疾病过程。FLNB可能调控牙源性间充质细胞(如成骨细胞)的迁移和分化
[28],其在内皮细胞中的表达还可能间接影响牙胚的血管营养支持
[29]。LAMA2则可能靶向牙胚基底膜中的上皮-间充质界面,调节牙本质形成
[10]。CTSC可能主要影响牙龈上皮和免疫细胞
[30],破坏牙周稳态。MCCC2通过代谢调控干扰相关细胞的能量供应与分化潜能
[26]。MORC5则可能通过表观遗传修饰影响牙胚发育相关细胞的基因表达
[23]。这些基因的多元潜在靶细胞作用提示NSAT的异质性可能源于发育、代谢、免疫及表观遗传通路的协同紊乱。
此前,先天缺牙与肿瘤的潜在联系已受到关注。细胞生物学和人类遗传学的研究
[31]表明:先天缺牙和某些肿瘤的发生发展存在遗传重叠。丹麦一项对250万儿童进行长达40年的队列研究
[32]提出:先天缺牙与几种肿瘤呈正相关,包括儿童期的神经母细胞瘤、肾母细胞瘤和肝母细胞瘤,青春期的骨肉瘤,以及成年期的结直肠癌和膀胱癌。有报道
[31]提示:先天缺牙应被视为成年后罹患肿瘤的风险标志,值得在临床中就其潜在的远期肿瘤风险进行探讨。
此外,临床中较严重的先天缺牙可影响牙弓长度、颌骨位置和颅面形态特征
[33-34],导致颌骨发育不足、凹形轮廓、前牙过度萌出,及Ⅲ类错(牙合)畸形等
[35-36]。本文报道的Ⅲ1患者即存在以上颌骨发育畸形,因此早期诊断、及时干预及多学科合作是非常必要的。
综上所述,NSTA患者须接受全面的评估,特别是在较严重病例中,需要确定是否存在先前未诊断的综合征。本报道提示:LAMA2基因变异与更严重的先天缺牙表型相关,为理解NSTA的病因机制提供了新线索,但目前尚缺乏明确证据,有待进一步验证。未来需扩大样本量研究,增加基因的功能验证,明确变异遗传模式,积极探索遗传机制并开发精准治疗,提供遗传咨询,以期改善患者的生活质量。