多特征提取和网络嵌入的蛋白质交互网络比对

摘要

为快速获得高得分的拓扑和生物属性比对结果，提出一种利用生成式对抗网络的蛋白质交互网络全局比对高效方法.通过提取蛋白质网络中节点的序列比对得分、边的度、聚类系数和节点的Page Rank值，以组成节点的特征向量嵌入；将源网络的嵌入通过生成式对抗网络映射到目标网络的嵌入空间来得到初步比对结果；通过计算映射后嵌入向量之间的欧氏距离来获得最终比对结果.在真实的蛋白质交互网络数据集测试的结果表明，与已有的同类算法相比，在拓扑指标边正确性、诱导保守结构以及对称子图得分和基因同源一致性上，本文方法整体上具有优势.

关键词

蛋白质交互网络 / 网络比对 / 生成式对抗网络 / 网络嵌入

基金资助

国家自然科学基金项目(62362004,61962004)资助