评估多种组装软件在蒙古牛基因组组装中的应用

刘原庆; 海超; 宋丽爽; 白春玲; 苏广华; 邵凯; 李光鹏; 杨磊

doi:10.13484/j.nmgdxxbzk.20260208

内蒙古大学学报（自然科学版） ›› 2026, Vol. 57 ›› Issue (02) : 175 -181. DOI: 10.13484/j.nmgdxxbzk.20260208

评估多种组装软件在蒙古牛基因组组装中的应用

刘原庆, 海超, 宋丽爽, 白春玲, 苏广华, 邵凯, 李光鹏, 杨磊

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摘要

利用蒙古牛HiFi数据，从基因组连续性、准确性、完整性等维度，评估Canu、Flye、Hifiasm、Raven 4款常用组装软件的效果，筛选适用于蒙古牛高质量基因组组装的工具。结果表明：Canu在组装总长度、基因完整性及碱基准确度上表现最优；Flye仅在Gaps数量上具备优势；Raven的染色体挂载效率最高；而Hifiasm综合组装能力最优，在基因组连续性相关核心指标中表现突出，组装完整性与准确性均处于较高水平，综合评分（38）排名第一。这表明Hifiasm综合适配性优于其他3款软件，更适用于蒙古牛高质量基因组的组装，Canu可作为次优选择。