基于高效混合模型的全基因组关联分析方法对鲶鱼头尺性状的遗传解析

山东农业大学学报（自然科学版） ›› 2025, Vol. 56 ›› Issue (06) : 929 -937.

陈澳, 常中宇, 赵兴宁, 李宁, 蒋丽

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摘要

头骨形态是生物进化和物种适应环境的基础，对于水产养殖鱼类来说，鱼头大小尺寸也是重要的经济性状，它与鱼片产量和观赏性有关。因此，挖掘控制鲶鱼头部大小的基因位点，可为遗传选育提供分子标记及可利用的功能基因。本研究定位了与鲶鱼头部大小相关的数量性状核苷酸（QTN）和基因，利用鲶鱼10个家系的杂交群体进行基因分型，使用高效、稳健的基于混合模型的Optim-GRAMMAR法进行GWAS分析，并将结果与EMMAX进行了比较。在得到206 763个高质量SNP的基础上，同种条件下EMMAX无显著关联的SNP，而Optim-GRAMMAR在头长、头深、头宽方面则分别发现了1、6和1个SNP，这些基因大多与生长发育、细胞增殖、促进代谢，骨骼形态，摄食调节有关，其中slc12a5a,slc7a10a,Rab2a等基因在斑马鱼等物种中对生长发育有正向影响。本研究报告的QTNs及基因将有助于了解鱼头大小性状的遗传结构，并促进水产养殖品种鲶鱼的标记辅助选择育种。