黔北黑猪不同骨骼肌内脂肪沉积相关lncRNAs的鉴定

摘要

旨在挖掘不同类型骨骼肌内脂肪沉积相关的候选长链非编码RNA(long nocoding RNA, lncRNA)。取亲缘关系相近的9头健康黔北黑猪母猪（日龄180±11 d，体重60±7 kg），随机分成3组，分别采集背最长肌和腰大肌，通过RNAseq构建lncRNAs表达谱，筛选差异表达lncRNAs并经qRT-PCR进行验证，采用生物信息学方法预测差异表达的lncRNAs的靶基因，并对其进行GO和KEGG功能富集分析，从中找出肌内脂肪沉积相关的lncRNAs，同时构建lncRNA-mRNA调控网络。在黔北黑猪两种不同骨骼肌中注释到4 232个lncRNAs，从中鉴定出45个差异表达lncRNAs(23个下调表达，22个上调表达)；qRT-PCR结果提示这些lncRNA的表达模式与RNA-seq数据高度一致。GO和KEGG分析结果表明，差异表达lncRNAs的靶基因主要富集在磷脂、脂质和脂肪酸转运、脂肪酸分解及雌激素受体信号通路负调控等GO条目和ABC转运蛋白、内吞作用、胆汁分泌、代谢途径、过氧化物酶体等信号通路上；lncRNAmRNA调控网络表明，TCONS＿00123816和TCONS＿00014197可能分别通过PPAR信号通路和Wnt信号通路调控肌内脂肪沉积。TCONS＿00123816和TCONS＿00014197可能通过其靶基因调控猪骨骼肌内脂肪沉积。这些研究发现将为深入解析不同类型骨骼肌脂肪沉积的机理提供数据支撑，对辅助选育优质肉用品种具有重要意义。

关键词

黔北黑猪 / lncRNAs / 背最长肌 / 腰大肌 / 脂肪沉积