黄河鲤肌间骨转录组分析及斑马鱼bmp1基因敲除模型构建

摘要

肌间骨(IBs)由肌膈间的肌腱骨化而来，仅存在于低等硬骨鱼类中，研究选取黄河鲤(Cyprinus carpio haematopterus)肌间骨发育前后两个关键阶段进行转录组测序，并对差异表达基因进行功能富集分析.结果表明：测序共获得高质量有效序列120 356 780条，共筛选出差异表达基因3 454个(上调1 283个，下调2 171个).GO和KEGG分析显示差异基因主要富集于胞外区域、跨膜运输、氧化还原过程、催化活性、蛋白结合等功能，参与次生代谢物的生物合成、PI3K-Akt信号通路、AMPK信号通路、糖酵解等.经qRT-PCR验证差异基因表达谱与RNA-seq结果基本一致后，为进一步了解其生物功能，选取两阶段中显著上调基因bmp1,利用CRISPR/Cas9建立bmp1突变的嵌合体斑马鱼(Danio rerio).测序验证bmp1突变品系已成功构建，表型观察结果发现突变型明显发育迟缓且尾部出现脊椎畸形.

关键词

肌间骨 / 黄河鲤 / 转录组 / bmp1 / 基因敲除