基于GWAS的哺乳仔猪抗腹泻候选基因筛选及通路研究

摘要

为研究哺乳仔猪抗腹泻的遗传因素和通路，通过对640头腹泻仔猪进行采样和统计分析，选取其中600个样本，包括大白猪453头、长白猪105头和杜洛克猪42头进行低深度重测序(1×)，对测序结果质控后开展全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS)，在大白猪和长白猪中分别筛选出42个和107个显著SNPs，这些位点上下游20 kb区域分别涉及32个和82个基因，对这些基因进行GO和KEGG富集分析，最终分别确定了6个(PLA2G4A、C1RL、PTPN6、C1R、PPP1R12A和GRID2)和8个(DAPK1、TMC8、ITM2C、CHMP4B、CAST、PDE4D、HSPA4和GRID2)可能与哺乳仔猪腹泻性状相关的重要候选基因，其中GRID2在大白猪和长白猪中同时被筛选到。结果表明，仔猪腹泻性状候选基因与细胞凋亡、免疫、细胞屏障和物质的跨膜运输相关功能有关。

关键词

哺乳仔猪 / GWAS / 腹泻 / 抗腹泻 / 基因 / 通路