利用药物重定位策略挖掘胃癌治疗药物

齐鑫; 荀德旭; 冯舒琪; 高娜; 侯思宇; 卢雨青; 黄兰; 陈佳佳

电子科技大学学报 ›› 2023, Vol. 52 ›› Issue (05) : 659 -666.

利用药物重定位策略挖掘胃癌治疗药物

齐鑫, 荀德旭, 冯舒琪, 高娜, 侯思宇, 卢雨青, 黄兰, 陈佳佳

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摘要

利用药物重定位和生物信息学的方法预测治疗胃癌的候选小分子药物及其潜在靶点，为胃癌的治疗提供新的思路。首先在胃癌数据集GSE54129、GSE26899和GSE65801中鉴定了203个差异表达基因，并利用关联图谱(connectivity map, CMap)分析筛选得到10种候选的小分子化合物。然后，通过对差异表达基因组成的蛋白质-蛋白质相互作用网络进行拓扑性质分析，鉴定TIMP1、PDGFRB、COL1A1等为枢纽基因。进一步，分子对接的结果显示，新鉴定的小分子药物左炔诺孕酮(levonorgestrel)与TIMP1具有较强的结合能力，结合能为-9.24 kcal/mol；已报道的胃癌药物西地尼布(cediranib)与靶点PDGFRB的结合能为-6.28 kcal/mol。另外，潜在靶点基因TIMP1和PDGFRB的表达模式、诊断和预后价值在胃癌数据集中得到了验证。