基于茎区的神经网络方法预测RNA二级结构

许丹; 王爱荣; 李金铭

doi:10.16088/j.issn.1001-6600.2011.03.022

广西师范大学学报（自然科学版） ›› 2011, Vol. 29 ›› Issue (03) : 142 -146. DOI: 10.16088/j.issn.1001-6600.2011.03.022

基于茎区的神经网络方法预测RNA二级结构

许丹, 王爱荣, 李金铭

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摘要

RNA二级结构预测是生物信息学的一个重要研究内容。作为预测方法之一的神经网络已被广泛应用于蛋白质结构预测,但在RNA二级结构的应用甚少。本文改进传统预测RNA二级结构的Hopfield神经网络。算法以茎作为网络神经元,通过与相似结构茎区的比对,初始化神经元,并据此修改网络的激励系数。实验把改进后算法与改进前2种算法、Mfold、RNAStructure比较,结果表明本文提出的算法对序列长度较小并且保守性较好的tRNA分子有很好的效果。