豌豆(Pisum sativum L.)是豆科一年生攀援草本,它在全球范围内种植面积约259万hm2,平均产量约为7.7 t/hm2,它包含大量和微量营养素,使其成为满足全球数百万营养不良人群饮食需求的宝贵食物来源。然而在西北种植的豌豆容易受到非生物胁迫的影响,特别是低温、盐碱及干旱的影响。因此,需要我们加强对耐寒、抗冻性强的豌豆品种的选育研究。
冷冻胁迫作为限制植物生长和生产的主要环境因素,严重影响植物的生长发育。当植物受到低温胁迫时,诱导一系列抗性相关基因,例如C-重复结合因子(CBF)和COR
[1],CBF/脱水响应元件结合(DREB1)蛋白已被鉴定为冷驯化中的关键转录因子,CBF基因家族属于AP2/ERF(APETALA2/ethylene-responsive element-binding factor)型转录激活因子,AP2/ERF家族包含一个高度保守的 AP2结构域,它拥有一个60个氨基酸的DNA结合域,其能够特异性识别和结合启动子中的 CRT/DRE 顺式作用元件,激活应激反应基因的表达,从而提高植物的低温抗性
[2]。据报道,低温胁迫拟南芥AP2型转录因子CBFs的表达被激活
[3]。CBF作为转录活化剂,特异性地识别和结合启动子中的CRT / DRE CIS作用元件,以激活应激响应基因的表达,从而提高植物抗低温
[4]。一类
CBF基因,
CBF/DREB1能够与顺式作用元件CRT/DRE结合从而激活下游冷响应性
COR(冷调节)基因的表达,这导致植物耐寒性
[5]。CBF/DREB1由上游转录因子调节,包括CBF表达1诱导剂(Inducer of CBF expression 1,ICE1)。 ICE1-CBF冷应激途径也分别由转录因子CAMTA3和ICE1调节。拟南芥ICE1在正常温度下是无活性的,当植物暴露于低温时,ICE1的表达被激活,并且ICE1蛋白质与ICE1-box结合从而诱导CBF基因的表达
[6]。CBF1也是COR冷响应基因的转录激活物,其可以特异性地与核心元素CRT/DRE结合并促进下游
COR基因的表达,导致激活植物抗性的机制
[7]。
CBF基因在植物中高度保守。拟南芥中6个CBF基因家族成员:
DREB1B/
CBF1、
DREB1C/
CBF2、
DREB1A/
CBF3、
DREB1D/
CBF4、
CBF5、
CBF6,每个成员均在单独的途径上起作用
[8]。
AtCBF1、
AtCBF2与
AtCBF3具有相同的AP2结构域,也称为
DREB1B,
DREB1C和
DREB1A,这3个基因起源于一个共同的祖先,彼此密切相关,且都定位在4号染色体上
[9],这3个CBF成员具有不同的作用,通过不同途径响应冷胁迫。而
AtCBF4与
AtCBF1~
AtCBF3的同源性相对较低,且位于5号染色体上,它不能被低温诱导,但可以响应干旱和ABA。
AtDDF1和
AtDDF2在盐胁迫中起作用
[10]。目前,在多个物种中已经鉴定了CBF基因家族成员并且对其功能进行了研究,包括玉米、水稻、大麦、小麦与油菜
[11-15]。
研究表明CBF基因在低温及干旱胁迫中起着关键作用,CBF基因的过表达显著提高了桦木(Birch)的抗寒性
[16]。在冷胁迫下,过表达拟南芥
CBF3基因可以增加木薯、烟草、水稻、油菜和地被石竹中脯氨酸的积累,减少丙二醛的产生以及电解质外渗,从而增强它们的抗寒性
[17-20]。虽然CBF转录因子家族在多个物种中被鉴定出来并且功能已经得到了验证,但豌豆中还尚未见CBF基因的报道,其在低温胁迫下的表达 有待进一步研究。因此,本研究通过对豌豆CBF基因家族成员的分析,为豌豆CBF基因功能研究和抗性育种提供基础。
1 材料与方法
1.1 试验材料
本研究试验材料冬豌豆(冬豌7号)与春豌豆(陇豌6号)来自于省部共建干旱生境作物学国家重点实验室(甘肃农业大学),在人工气候室中培养,栽培基质为蛭石、珍珠岩和泥炭土(体积比为1∶3∶9)。生长条件设定为:25 ℃/20 ℃(白天/晚上),光照12 h,湿度为60%,光合有效辐射为700 μmol/(m
2·s)。培养至有10~16片叶的豌豆苗为试验材料,进行不同处理(
表1)。在处理5 d后收集豌豆叶片用于后续试验。
1.2 豌豆CBF转录因子家族基因的鉴定
为了鉴定豌豆中的
CBF基因,通过URGI基因组数据库(
https://urgi.versailles.inra.fr/Species/Pisum)下载豌豆基因组数据,使用Pfam(
http://pfam.xfam.org/family/PF00010)在线工具下载CBF转录因子的隐马尔科夫模型,基于Hmmer 3.2.1 软件(
http://www.hmmer.org/),以
E≤0.1为标准在豌豆数据库中搜索并鉴定豌豆
CBF基因家族成员。同时将鉴定所得基因的氨基酸序列通过在线工具Pfam(
http://pfam.xfam.org/family)、SMART(
http://smart.embl- heidelberg.de/)以及NCBI CDD (
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/cdd/)综合进行 CBF蛋白质保守结构域预测,记录保守结构域位置信息,除去不含CBF 结构域的基因。
1.3 豌豆CBF转录因子的基本理化性质分析
1.4 CBF基因家族系统发育树的构建及染色体的定位
基于鉴定筛选的拟南芥中6个CBF基因家族成员以及马铃薯中10个CBF基因家族成员,通过MEGAX
[22]软件,采取邻近法构建系统发育树。进化树的美化使用在线软件Evolview
[23](
http://120.202.110.254:8280/evolvi ew)。TBtools软件
[24]进行
PsCBF基因的染色体定位。
1.5 基本基序、基因结构、启动子元件与蛋白互作分析
在线工具MEME (
http://meme.sdsc.edu/meme/meme.html)搜索基因的Motif。GSDS(Gene structure display server)(
http://gsds.cbi.pku.edu.cn/)搜索基因结构,然后通过TBtools软件绘制基因结构+进化树+基本基序图。用PlantCARE (
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/)进行顺势作用原件分析。STRING version 10 (
http://string-db.org) 进行 PsCBF蛋白互作网络分析。
1.6 实时荧光定量PCR
利用植物总RNA提取试剂盒提取不同处理下豌豆幼苗叶片的PsCBF基因组总RNA,进行实时荧光定量分析。采用 cDNA合成试剂盒合成 cDNA。RT-qPCR(Real time-quantitative pcr)是在瑞士罗氏公司的 LightCycler480 II上使用 AceQ®qPCR SYBR Green Master Mix进行的。以豌豆肌动蛋白(PSActin:Psat1g052320.1)基因作为内参。利用2-ΔΔCt法确定了基因的相对丰度。试验设3次生物学重复。所有的引物都是由Primer 5.0设计的。
2 结果与分析
2.1 基本理化性质分析与二级结构的预测分析
在豌豆中鉴定出21个CBF家族成员,并命名为
PsCBF01~
PsCBF21。由
表2可得,该家族基因编码的氨基酸数为123(
PsCBF09)~349(
PsCBF11),分子量为13 901.23(
PsCBF09)~39 787.61(
PsCBF11),20个PSCBF(除
PsCBF15)基因编码蛋白的等电点小于7,说明20个PsCBF蛋白为酸性蛋白。不稳定指数在36.69(
PsCBF18)~66.11(
PsCBF18),脂肪酸指数在51.45(
PsCBF19)~74.81(
PsCBF11)。21个
PsCBF基因编码蛋白的平均疏水性值均小于0,说明它们均属于亲水性蛋白。
此外,本研究预测了21个
PsCBF基因编码蛋白的二级结构。由
表 3可知,该家族蛋白的二级结构均由螺旋,延伸链及无规则卷曲组成。在17个PsCBF蛋白中二级结构的比例存在无规则延伸>螺旋>延伸链。同时,无规则延伸在20个PsCBF蛋白中所占的比例均最大。亚细胞定位预测显示18个
PsCBF基因(85.71%)定位在细胞核上,2个
PsCBF基因定位在细胞质中,1个
PsCBF基因定位在微体中。多磷酸化位点在蛋白质翻译后修饰水平上发挥着重大作用
[25],因此分析了该家族蛋白的磷酸化,由下表可得21个CBF蛋白的磷酸化个数在29(
PsCBF16)~83(
PsCBF15)。
2.2 系统发育进化树
为了探索CBF家族的进化关系和分类,本研究利用拟南芥,茶树与豌豆的CBF蛋白的氨基酸序列构建了系统发育树。结果如
图1所示,这些CBF基因可以分为4个亚组,A组包含5个豌豆
PsCBF基因,B组包含5个豌豆
PsCBF基因,3个茶树
CsCBF基因以及2个
AtDDF基因,C组包含7个茶树
CsCBF基因,D组包含4个
AtCBF基因与11个豌豆
PsCBF基因。此外,可以观察到在豌豆中存在6对旁系同源基因(
PsCBF01/
PsCBF03、
PsCBF05/
PsCBF07、
PsCBF08/
PsCBF09、
PsCBF11/PsCB F12、
PsCBF13/
PsCBF14及
PsCBF19/
PsCBF20),但是这并不存在直系同源基因对。
2.3 豌豆CBF基因家族染色体的定位
如
图 2所示,通过豌豆GFF文件,将豌豆CBF家族成员的18个基因定位在染色体上,其余3个基因(
PsCBF19,
PsCBF20与
PsCBF21)尚未组装到豌豆染色体上。其中1号染色体分布基因最多,存在10个CBF家族基因;其次为4号染色体上存在3个
PsCBF基因,2号与6号染色体上分别存在2个
PsCBF基因,7号染色体上存在1个
PsCBF基因。
2.4 基因结构及保守基序分析
外显子-内含子的基因结构在基因行使功能中发挥着关键作用,外显子内多样性不仅是基因家族演化的重要组成部分,而且可能影响其表达。如
图3所示,基因结构分析表明,18个
PsCBF基因在5'和3'末端均具有末端非编码序列(Untranslation regions,UTRS),
PsCBF20基因在5'末端具有UTRS,
PsCBF16与
PsCBF19基因在末端均不具有UTRS。此外,19个
PsCBF基因具有1个外显子(90.48%),且外显子的长度均不同,2个
PsCBF基因(
PsCBF16与
PsCBF19)具有两个外显子,第二个外显子的长度较短。
为了进一步了解PsCBF蛋白之间的系统关系,预测了10个保守的PsCBF蛋白的保守基序(
图4)。我们发现位于同一亚族中的基因具有相似的保守基序,21个PsCBF蛋白具有的Motif个数为1~7。Motif 1在PsCBF蛋白中高度保守,它存在于21个PsCBF蛋白中。此外,Motif 5在14个PsCBF蛋白的3末端高度保守。部分基序具有基因特异性,Motif 8 存在于PsCBF08、PsCBF09、PsCBF10、PsCBF15与PsCBF18中,Motif 9存在于PsCBF11、PsCBF12、PsCBF13与PsCBF14中,Motif 10存在于PsCBF13与PsCBF14中。
2.5 启动子元件的分析
启动子的结构影响启动子的亲和力,从而影响基因表达水平。在
PsCBF基因的上游启动子区鉴定到了24个与胁迫响应元件(LTR,MBS,TC-rich repeats及WUN-motif),激素响应元件(ABRE,AuxRE-core,TGA-element)以及组织特异表达元件(ARE,MBSI,O2-site及HD-Zip 1)。这些元件在启动子区不均匀的分布(
图5),ABRE,CGTCA,TGACG-motif及ARE元件几乎存在于所有的
PsCBF基因上游。其中,LTR响应低温,MBS响应干旱;ABRE响应脱落酸,AuxRE、AuxRR-core与TGA-element响应生长素,TGACG-motif与CGTCA-motif响应茉莉酸甲酯,TATC-box与GARE-motif响应赤霉素,TCA-element 响应水杨酸;ARE是厌氧诱导所必须的,GCN4_motif与胚乳特异表达有关,O2-site与玉米醇代谢有关。
PsCBF17含有最多的顺势元件(31个),其次是
PsCBF20(20个),
PsCBF03含有最少的顺势元件(5个)。这些结果表明
PsCBF基因不仅参与激素诱导,还在一些非生物胁迫中起作用。
2.6 蛋白质相互作用网络分析
为了进一步研究豌豆PsCBF蛋白间的关系以及它们的调节功能,以拟南芥为模板,构建了豌豆PsCBF间的互作网络图(
图6),结果显示21个豌豆PsCBF蛋白均出现在已知的拟南芥蛋白互作网络图中,这暗示可以通过已知功能的拟南芥
AtCBF基因预测未知豌豆
PsCBF基因的功能。由
图5可知,
AtDREB1A与10个
PsCBF基因高度相似(
PsCBF01、
PsCBF02、
PsCBF04-
PsCBF07、
PsCBF17、
PsCBF 19-
PsCBF21),研究表明,
AtDREB1A在植物抵御盐胁迫与干旱胁迫中起着关键作用。
AtCBF4与5个
PsCBF基因序列高度相似(
PsCBF03与
PsCBF11-
PsCBF14),
AtCBF4在植物耐旱中起着关键作用。
AtERF1与
PsCBF10基因序列高度相似。
AtESE1与2个
PsCBF基因序列高度相似(
PsCBF08与
PsCBF09)。
AtRAP2.11与2个
PsCBF基因序列高度相似(
PsCBF15与
PsCBF18),
RAP2.11 在低 K
+ 条件下调节
AtHAK5 表达,并且还通过调节低 K
+ 信号级联中的其他基因促进对低钾条件的协调响应
[26]。
2.7 RT-qPCR分析外源硅酸钾处理对低温胁迫下豌豆幼苗CBF家族基因表达的影响
利用qRT-PCR分析了外源硅酸钾处理对低温胁迫下2个豌豆品种幼苗CBF家族基因表达情况。结果如
图7所示,冬豌豆品种中,低温胁迫下9个基因的表达量呈现显著增加的形式(
PsCBF01、
PsCBF02、
PsCBF08、
PsCBF11、
PsCBF12、
PsCBF17-
PsCBF20),其中
PsCBF10与
PsCBF12强烈响应低温胁迫,而其余12个
PsCBF基因的表达在低温与对照间不存在显著差异。同时低温胁迫后不同浓度K
2SiO
3处理下,21个
PsCBF基因的表达量均发生了显著变化,其中11个基因(
PsCBF01~
PsCBF03、
PsCBF05、
PsCBF06、
PsCBF10、
PsCBF11、
PsCBF13、
PsCBF14、
PsCBF17与
PsCBF20)在50 mmol/L的K
2SiO
3下表达量最高,且均显著高于低温处理下的表达,说明一定浓度的K
2SiO
3可以诱导低温胁迫下
CBF基因的表达,从而提高豌豆幼苗的抗寒性。春豌豆品种中,与对照相比,只有部分基因(
PsCBF09、
PsCBF11-
PsCBF14、与
PsCBF17~
PsCBF19)的表达量在低温胁迫下发生了极显著的增加。部分基因(
PsCBF01、
PsCBF03、
PsCBF07、
PsCBF08、
PsCBF10与
PsCBF16)在低温胁迫后与对照相比表达水平没有发生显著变化,也存在部分基因(
PsCBF02、
PsCBF04、
PsCBF05、
PsCBF06、
PsCBF15、
PsCBF20与
PsCBF21)在低温胁迫后表达水平低于对照。而在低温胁迫后不同浓度K
2SiO
3处理下,大部分基因的表达量发生了显著的变化,其中
PsCBF09与
PsCBF16基因的变化最明显。由此可知,不管冬豌豆还是春豌豆,一定浓度的K
2SiO
3均可以诱导其低温胁迫下
PsCBF基因发生显著变化,从而应对低温胁迫。
3 讨论
低温是主要的非生物因子,限制作物生产率。当植物受到冷应激时,CBF/DREB转录因子被触发并调节12%的冷响应转录组,显示出在耐寒性的重要作用
[27]。
CBF/DREB1基因首先在拟南芥中被鉴定为冷驯化的关键转录因子,在拟南芥中,
CBF1、
CBF2和
CBF3也称为
DREB1b、
DREB1c和
DREB1a,当植物暴露在低温下时,它们分别迅速诱导出约130个基因,
CBF1~
CBF3基因的过量表达可以提高转基因植株的耐寒性
[28-29]。并且目前已经报道了在许多植物物种中CBF同系物及其对提高抗冻性的贡献
[30]。到目前为止,尚未见豌豆中
CBF基因的报道,在本研究中,在豌豆中共鉴定出21个
CBF 直系同源基因,比拟南芥多15个,这可能是物种间基因组大小差异和
CBF基因扩增程度不同所导致的。系统发育进化表明在豌豆CBF家族中存在6对旁系同源基因,这可能是基因在进化的过程中发生了复制现象。此外,研究表明转录因子必须在细胞核中才能执行其功能
[31],本研究预测显示18个
CBFs基因定位于细胞核中,说明大多数PsCBFs作为核蛋白主要在细胞核中起作用。
外显子/内含子基因结构的多样性在基因家族成员的进化中起着重要作用。本研究鉴定出的21个PsCBF基因含有外显子的数目为1~2,其中19个PsCBF基因含有1个外显子,表明该物种在进化的过程中具有一定的保守性。此外,PsCBF家族基因属于典型的内含子缺失型,因此在响应环境刺激时,能够短时间内启动基因表达。一些密切相关的PsCBF成员具有相似的结构,这可能意味着这些 CBF 蛋白的功能相似。 每个分支中特定序列的存在可能具有特定功能。大多数CBF蛋白在基因结构和基序组成方面的相似性与CBF基因家族的系统发育分析一致。不同进化分支之间这些特征的差异表明CBF成员的功能多样化。
植物基因启动子是重要的顺式作用元件,位于启动子密码子的上游,是基因转录的控制中心
[32]。本研究
CBF基因启动子具有许多与生长和应激反应相关的顺式作用元件,包括低温、干旱、高温,以及渗透胁迫响应元素、光响应元素、植物激素、脱落酸、赤霉素、MeJA、水杨酸和乙烯响应元素。其中应激反应元件:20个MBS(参与干旱诱导的顺式作用元件)、2个WUN-motif,14个TC-rich repeats和9个 LTR,表明
CBF基因启动子可能参与了豌豆的生长、发育和抗逆性。这类似于之前关于红树林的报告
[33]。表明
PsCBF基因受多种因素的调控,包括非生物胁迫、生物胁迫和生长发育等。基因结构和特征分析结果表明21个
PsCBF基因在应对非生物胁迫时可能具有不同的生物学功能。基因通过相互作用网络实现其生物学功能和信号转导途径。因此,研究与基因家族相关的潜在相互作用网络有助于理解基因功能
[34]。本研究中,观察到
AtDREB1A(
AtCBF3)与10个
PsCBF基因高度同源(
PsCBF01、
PsCBF02、
PsCBF04~
PsCBF05、PsCBF07、
PsCBF 17、
PsCBF19、
PsCBF20与
PsCBF21),
DREB1B(
AtCBF1)与
PsCBF16基因高度同源。而
AtCBF1与
AtCBF3在提高植物耐寒中发挥着关键的作用
[35]。因此,推测9个
PsCBF基因(与拟南芥CBF基因同源的基因)具有相似的功能。
CBF基因家族成员普遍存在于各种生物中,通过调控下游冷应答基因COR参与非生物胁迫的生长发育,在植物对低温胁迫的反应中发挥着关键作用
[36]。例如,
AtCBF1~
AtCBF3和
OsDRE1A能够快速响应低温胁迫
[37]。本研究发现,
PsCBF基因家族成员在低温胁迫处理和低温胁迫下K
2SiO
3处理的表达特征不同。在低温条件下,部分基因的表达量发生明显的变化,强烈响应低温胁迫。研究表明
AtCBF1~
AtCBF3基因的表达在低温下诱导2 h 后达到高峰
[38]。此外,本研究发现不同浓度K
2SiO
3在很大程度上均能诱导PsCBF家族基因的表达,说明一定浓度的K
2SiO
3可以在一定程度上诱导豌豆
CBF基因的表达,从而应对低温胁迫对豌豆幼苗所造成的损伤。
总之,本研究鉴定出了21个豌豆PsCBF基因,并通过分析其基本理化性质、系统发育树、保守基序以及基因结构解释其分类及进化关系。启动子区研究与相互作用网络分析证实了PsCBF基因对逆境反应的关键作用。此外,本研究发现低温胁迫后K2SiO3处理下大部分PsCBF基因的表达发生显著变化。本研究结果对今后PsCBF基因的功能鉴定和豌豆良种选育具有一定的参考价值。
省部共建干旱生境作物学国家重点实验室(甘肃农业大学)主任基金课题项目(GSCS-2020-Z1)